PDB-2oby: Crystal structure of Human P53 inducible oxidoreductase (TP53I3,PIG3)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oby

タイトル

Crystal structure of Human P53 inducible oxidoreductase (TP53I3,PIG3)

要素

Putative quinone oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH:quinone reductase / quinone reductase (NADPH) activity / NADP+ metabolic process / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / quinone binding / NADPH binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Porte, S. / Valencia, E. / Farres, J. / Fita, I. / Pike, A.C.W. / Shafqat, N. / Debreczeni, J. / Johansson, C. / Haroniti, A. / Gileadi, O. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human P53 inducible oxidoreductase (TP53I3, PIG3)
著者: Porte, S. / Valencia, E. / Farres, J. / Fita, I. / Pike, A.C.W. / Shafqat, N. / Debreczeni, J. / Johansson, C. / Haroniti, A. / Gileadi, O. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / ...

履歴

登録	2006年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2018年1月31日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oby.cif.gz	304.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oby.ent.gz	247.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oby.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/2oby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/2oby	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j8zS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4b7c-4 4b7x-6 1qd1-d 2vwq-1 7bvq-1 4b7x-2 2vwp-1 3nx4-d 4ilk-d 3jyl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (7)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative quinone oxidoreductase

B: Putative quinone oxidoreductase

C: Putative quinone oxidoreductase

D: Putative quinone oxidoreductase

E: Putative quinone oxidoreductase

ヘテロ分子

184 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative quinone oxidoreductase

B: Putative quinone oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative quinone oxidoreductase

ヘテロ分子

C: Putative quinone oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Putative quinone oxidoreductase

ヘテロ分子

D: Putative quinone oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: Putative quinone oxidoreductase

ヘテロ分子

E: Putative quinone oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.354, 184.359, 318.047
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	GLN	GLN	A	A	1 - 332	7 - 338
2	1	1	MET	MET	GLN	GLN	B	B	1 - 332	7 - 338
3	1	1	MET	MET	GLN	GLN	C	C	1 - 332	7 - 338
1	1	2	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 122	7 - 128
2	1	2	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 122	7 - 128
3	1	2	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 122	7 - 128
4	2	2	ARG	ARG	GLN	GLN	A	A	296 - 332	302 - 338
5	2	2	ARG	ARG	GLN	GLN	D	D	296 - 332	302 - 338
6	2	2	ARG	ARG	GLN	GLN	E	E	296 - 332	302 - 338
1	1	3	GLU	GLU	GLN	GLN	A	A	123 - 295	129 - 301
2	1	3	GLU	GLU	GLN	GLN	D	D	123 - 295	129 - 301
3	1	3	GLU	GLU	GLN	GLN	E	E	123 - 295	129 - 301
1	1	4	NAP	NAP	NAP	NAP	A	F	1400
2	1	4	NAP	NAP	NAP	NAP	B	G	1401
3	1	4	NAP	NAP	NAP	NAP	C	H	1402
4	1	4	NAP	NAP	NAP	NAP	D	I	1403
5	1	4	NAP	NAP	NAP	NAP	E	J	1404

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

詳細

The biological assembly is a dimer. A and B dimerize in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Putative quinone oxidoreductase / Tumor protein p53- inducible protein 3 / p53-induced protein 3 分子量: 36080.605 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53I3, PIG3 / プラスミド: pGEX-4T-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q53FA7, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30 % PEG 4000, 0.1 M Tris, 0.2 M sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月10日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→19.94 Å / Num. all: 36209 / Num. obs: 36209 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 45.6 Å²
反射シェル	解像度: 3→3.2 Å / % possible all: 62.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345	345DTB	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J8Z

2j8z

解像度: 3→19.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.866 / SU B: 54.452 / SU ML: 0.418 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.505 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25968	1795	5 %	RANDOM
R_work	0.21955	-	-	-
all	0.22155	34254	-	-
obs	0.22155	34254	88.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→19.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12580	0	240	3	12823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	13110
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	8765
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.935	2.011	17835
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.783	3	21595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.169	5	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.838	25.152	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.798	15	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.741	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	14440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	8881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	6285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	6819
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.143	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.152	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.069	1.5	10675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.016	1.5	3425
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.091	2	13170
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.164	3	5696
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.251	4.5	4665
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	4223	medium positional	0.2	0.5
1	2	B	4223	medium positional	0.24	0.5
1	3	C	4223	medium positional	0.23	0.5
2	1	A	2005	medium positional	0.28	0.5
2	2	D	2005	medium positional	0.21	0.5
2	3	E	2005	medium positional	0.23	0.5
3	1	A	2218	medium positional	0.22	0.5
3	2	D	2218	medium positional	0.18	0.5
3	3	E	2218	medium positional	0.18	0.5
4	4	A	68	medium positional	0.18	0.5
4	4	B	68	medium positional	0.19	0.5
4	4	C	68	medium positional	0.15	0.5
4	4	D	68	medium positional	0.17	0.5
4	4	E	68	medium positional	0.17	0.5
1	1	A	4223	medium thermal	0.08	2
1	2	B	4223	medium thermal	0.07	2
1	3	C	4223	medium thermal	0.08	2
2	1	A	2005	medium thermal	0.07	2
2	2	D	2005	medium thermal	0.06	2
2	3	E	2005	medium thermal	0.06	2
3	1	A	2218	medium thermal	0.08	2
3	2	D	2218	medium thermal	0.07	2
3	3	E	2218	medium thermal	0.06	2
4	4	A	68	medium thermal	0.15	2
4	4	B	68	medium thermal	0.09	2
4	4	C	68	medium thermal	0.11	2
4	4	D	68	medium thermal	0.15	2
4	4	E	68	medium thermal	0.12	2

LS精密化シェル

解像度: 3.002→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.452	37	-
R_work	0.418	766	-
obs	-	-	27.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1789	1.6135	-1.0473	2.5866	-1.143	1.8406	0.0227	0.1232	0.1379	-0.2293	0.0891	0.0852	-0.0685	-0.128	-0.1118	-0.1732	-0.0622	0.0313	-0.1466	0.1403	-0.1283	27.5716	39.1759	-35.0355
2	2.536	0.9265	-0.452	2.4114	-1.3337	2.0805	0.0721	-0.2465	0.2768	0.2195	0.0906	0.0289	-0.1409	-0.3148	-0.1627	-0.3006	-0.0213	-0.0257	0.0748	0.1564	0.0771	-2.7112	31.7816	-6.2786
3	0.7895	0.5673	0.2771	2.1884	1.4179	2.8555	-0.1328	0.1533	-0.0868	-0.0866	0.0619	-0.0182	0.2673	0.1795	0.0709	-0.2318	-0.0151	0.0762	-0.1891	0.13	-0.2991	29.0728	-4.912	-20.6592
4	1.1882	-0.1133	-0.7081	1.0304	0.8424	4.9229	0.0449	-0.0174	-0.2528	-0.0953	0.001	-0.0159	0.1599	-0.1831	-0.0459	-0.138	-0.0544	0.0665	-0.2065	0.1106	-0.0065	-12.8339	38.8716	-62.8347
5	1.9675	0.5842	-1.6359	1.6355	-0.9136	3.1214	0.0292	-0.1709	-0.0316	-0.1734	-0.0285	0.0497	-0.006	0.0922	-0.0008	0.0737	-0.0444	0.0185	-0.2201	0.0089	-0.2892	29.8354	-5.2336	-59.029

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 332
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 332
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 332
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 332
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 332

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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