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- PDB-2oby: Crystal structure of Human P53 inducible oxidoreductase (TP53I3,PIG3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oby
タイトルCrystal structure of Human P53 inducible oxidoreductase (TP53I3,PIG3)
要素Putative quinone oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH:quinone reductase / quinone reductase (NADPH) activity / reactive oxygen species biosynthetic process / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / apoptotic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Quinone oxidoreductase PIG3 / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily ...Quinone oxidoreductase PIG3 / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Quinone oxidoreductase PIG3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Porte, S. / Valencia, E. / Farres, J. / Fita, I. / Pike, A.C.W. / Shafqat, N. / Debreczeni, J. / Johansson, C. / Haroniti, A. / Gileadi, O. ...Porte, S. / Valencia, E. / Farres, J. / Fita, I. / Pike, A.C.W. / Shafqat, N. / Debreczeni, J. / Johansson, C. / Haroniti, A. / Gileadi, O. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Pares, X.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human P53 inducible oxidoreductase (TP53I3, PIG3)
著者: Porte, S. / Valencia, E. / Farres, J. / Fita, I. / Pike, A.C.W. / Shafqat, N. / Debreczeni, J. / Johansson, C. / Haroniti, A. / Gileadi, O. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / ...著者: Porte, S. / Valencia, E. / Farres, J. / Fita, I. / Pike, A.C.W. / Shafqat, N. / Debreczeni, J. / Johansson, C. / Haroniti, A. / Gileadi, O. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Pares, X.
履歴
登録2006年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative quinone oxidoreductase
B: Putative quinone oxidoreductase
C: Putative quinone oxidoreductase
D: Putative quinone oxidoreductase
E: Putative quinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,12010
ポリマ－180,4035
非ポリマー3,7175
水543
1
A: Putative quinone oxidoreductase
B: Putative quinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6484
ポリマ－72,1612
非ポリマー1,4872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area26060 Å2
手法PISA
2
C: Putative quinone oxidoreductase
ヘテロ分子

C: Putative quinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6484
ポリマ－72,1612
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
3
D: Putative quinone oxidoreductase
ヘテロ分子

D: Putative quinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6484
ポリマ－72,1612
非ポリマー1,4872
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
4
E: Putative quinone oxidoreductase
ヘテロ分子

E: Putative quinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6484
ポリマ－72,1612
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)68.354, 184.359, 318.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B
31C
12A
22D
32E
42A
52D
62E
13A
23D
33E
14A
24B
34C
44D
54E

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETGLNGLNAA1 - 3327 - 338
211METMETGLNGLNBB1 - 3327 - 338
311METMETGLNGLNCC1 - 3327 - 338
112METMETPROPROAA1 - 1227 - 128
212METMETPROPRODD1 - 1227 - 128
312METMETPROPROEE1 - 1227 - 128
422ARGARGGLNGLNAA296 - 332302 - 338
522ARGARGGLNGLNDD296 - 332302 - 338
622ARGARGGLNGLNEE296 - 332302 - 338
113GLUGLUGLNGLNAA123 - 295129 - 301
213GLUGLUGLNGLNDD123 - 295129 - 301
313GLUGLUGLNGLNEE123 - 295129 - 301
114NAPNAPNAPNAPAF1400
214NAPNAPNAPNAPBG1401
314NAPNAPNAPNAPCH1402
414NAPNAPNAPNAPDI1403
514NAPNAPNAPNAPEJ1404

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
詳細The biological assembly is a dimer. A and B dimerize in the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質
Putative quinone oxidoreductase / Tumor protein p53- inducible protein 3 / p53-induced protein 3


分子量: 36080.605 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53I3, PIG3 / プラスミド: pGEX-4T-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q53FA7, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30 % PEG 4000, 0.1 M Tris, 0.2 M sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月10日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→19.94 Å / Num. all: 36209 / Num. obs: 36209 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 45.6 Å2
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / % possible all: 62.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345345DTBデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J8Z

2j8z


解像度: 3→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 54.452 / SU ML: 0.418 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.505 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25968 1795 5 %RANDOM
Rwork0.21955 ---
all0.22155 34254 --
obs0.22155 34254 88.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å20 Å2
2--0.57 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12580 0 240 3 12823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.02213110
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.028765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9352.01117835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.783321595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.16951665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.83825.152495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.798152170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7411545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.21995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0214440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022335
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.22668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1620.28881
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.26285
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.26819
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1430.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1520.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0691.510675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0161.53425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.091213170
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.16435696
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.2514.54665
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A4223medium positional0.20.5
12B4223medium positional0.240.5
13C4223medium positional0.230.5
21A2005medium positional0.280.5
22D2005medium positional0.210.5
23E2005medium positional0.230.5
31A2218medium positional0.220.5
32D2218medium positional0.180.5
33E2218medium positional0.180.5
44A68medium positional0.180.5
44B68medium positional0.190.5
44C68medium positional0.150.5
44D68medium positional0.170.5
44E68medium positional0.170.5
11A4223medium thermal0.082
12B4223medium thermal0.072
13C4223medium thermal0.082
21A2005medium thermal0.072
22D2005medium thermal0.062
23E2005medium thermal0.062
31A2218medium thermal0.082
32D2218medium thermal0.072
33E2218medium thermal0.062
44A68medium thermal0.152
44B68medium thermal0.092
44C68medium thermal0.112
44D68medium thermal0.152
44E68medium thermal0.122
LS精密化 シェル解像度: 3.002→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.452 37 -
Rwork0.418 766 -
obs--27.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.17891.6135-1.04732.5866-1.1431.84060.02270.12320.1379-0.22930.08910.0852-0.0685-0.128-0.1118-0.1732-0.06220.0313-0.14660.1403-0.128327.571639.1759-35.0355
22.5360.9265-0.4522.4114-1.33372.08050.0721-0.24650.27680.21950.09060.0289-0.1409-0.3148-0.1627-0.3006-0.0213-0.02570.07480.15640.0771-2.711231.7816-6.2786
30.78950.56730.27712.18841.41792.8555-0.13280.1533-0.0868-0.08660.0619-0.01820.26730.17950.0709-0.2318-0.01510.0762-0.18910.13-0.299129.0728-4.912-20.6592
41.1882-0.1133-0.70811.03040.84244.92290.0449-0.0174-0.2528-0.09530.001-0.01590.1599-0.1831-0.0459-0.138-0.05440.0665-0.20650.1106-0.0065-12.833938.8716-62.8347
51.96750.5842-1.63591.6355-0.91363.12140.0292-0.1709-0.0316-0.1734-0.02850.0497-0.0060.0922-0.00080.0737-0.04440.0185-0.22010.0089-0.289229.8354-5.2336-59.029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 332
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 332
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 332
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 332
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 332

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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