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万見
- PDB-2oar: Mechanosensitive Channel of Large Conductance (MscL) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oar
タイトルMechanosensitive Channel of Large Conductance (MscL)
要素Large-conductance mechanosensitive channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / stretch activated ion channel mechanosensitive
機能・相同性
機能・相同性情報


gated channel activity / intracellular water homeostasis / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / plasma membrane => GO:0005886 / monoatomic ion transport / transmembrane transport / membrane => GO:0016020 / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Large-conductance mechanosensitive channel, MscL; domain 1 / Large-conductance mechanosensitive channel / Large-conductance mechanosensitive channel, conserved site / Large-conductance mechanosensitive channels mscL family signature. / Large-conductance mechanosensitive channel MscL / Large-conductance mechanosensitive channel/anditomin synthesis protein L / Large-conductance mechanosensitive channel, MscL / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Large-conductance mechanosensitive channel, MscL; domain 1 / Large-conductance mechanosensitive channel / Large-conductance mechanosensitive channel, conserved site / Large-conductance mechanosensitive channels mscL family signature. / Large-conductance mechanosensitive channel MscL / Large-conductance mechanosensitive channel/anditomin synthesis protein L / Large-conductance mechanosensitive channel, MscL / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Large-conductance mechanosensitive channel / Large-conductance mechanosensitive channel
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Rees, D.C. / Chang, G. / Spencer, R.H. / Lee, A.T. / Steinbacher, S. / Strop, P.
引用
ジャーナル: Current Topics in Membranes / 年: 2007
タイトル: Structures of the Prokaryotic Mechanosensitive Channels MscL and MscS
著者: Steinbacher, S. / Bass, R. / Strop, P. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Structure of the MscL homolog from Mycobacterium tuberculosis: A gated mechanosensitive ion channel
著者: Chang, G. / Spencer, R.H. / Lee, A.T. / Barclay, M.T. / Rees, D.C.
#2: ジャーナル: METHODS AND RESULTS IN CRYSTALLIZATION OF MEMBRANE PROTEINS
年: 2003
タイトル: Crystallization and structure determination of MSCL, a gated prokaryotic mechanosensitive channel
履歴
登録2006年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年1月9日ID: 1MSL
改定 1.02007年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月9日Group: Database references
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE All the non-histidine residues in the N-terminal 22 residues are part of a cleavable his- ...SEQUENCE All the non-histidine residues in the N-terminal 22 residues are part of a cleavable his-tag construct that was added to the MscL sequence. The protein sequence is not cleaved

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large-conductance mechanosensitive channel
B: Large-conductance mechanosensitive channel
C: Large-conductance mechanosensitive channel
D: Large-conductance mechanosensitive channel
E: Large-conductance mechanosensitive channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6778
ポリマ－94,0875
非ポリマー5913
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22150 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area32680 Å2
手法PISA
2
A: Large-conductance mechanosensitive channel
B: Large-conductance mechanosensitive channel
C: Large-conductance mechanosensitive channel
D: Large-conductance mechanosensitive channel
E: Large-conductance mechanosensitive channel
ヘテロ分子

A: Large-conductance mechanosensitive channel
B: Large-conductance mechanosensitive channel
C: Large-conductance mechanosensitive channel
D: Large-conductance mechanosensitive channel
E: Large-conductance mechanosensitive channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,35516
ポリマ－188,17310
非ポリマー1,1826
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565-x,-y+1,z1
Buried area47700 Å2
ΔGint-437 kcal/mol
Surface area62540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)212.308, 212.308, 97.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-600-

AU

詳細The asymmetric unit contains one pentamer which is the biological unit

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要素

#1: タンパク質
Large-conductance mechanosensitive channel


分子量: 18817.307 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
生物種: Mycobacterium tuberculosis / 株: H37RA / 遺伝子: mscL / プラスミド: pET19B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A5K8, UniProt: A5U127*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.97 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.7
詳細: PROTEIN CONCENTRATION 15-20 MG/ML AND 0.05% DODECYLMALTOSIDE.PROTEIN WAS MIXED IN A RATIO OF 4:3 OR 3:2 WITH THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 100-120 mM AMMONIUM SULFUATE, 23-27% TRIETHYLENE ...詳細: PROTEIN CONCENTRATION 15-20 MG/ML AND 0.05% DODECYLMALTOSIDE.PROTEIN WAS MIXED IN A RATIO OF 4:3 OR 3:2 WITH THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 100-120 mM AMMONIUM SULFUATE, 23-27% TRIETHYLENE GLYCOL, 100 mM GLYCINE, WITH 1-3 mM GD(CL)3 OR SM(CL)3 AND D2O AS THE SOLVENT. 1 mM (NA3)AU(S2O3)2 WAS SOAKED INTO THE CRYSTAL, pH 3.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 25597 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 50.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.5→20 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 1234 4.5 %
Rwork0.319 --
obs0.319 25558 93.2 %
溶媒の処理Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 135.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.25 Å20 Å20 Å2
2--21.25 Å20 Å2
3----42.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4755 0 3 0 4758
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.91
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.5291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.6562
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.4232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.3712.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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