PDB-2oa1: Crystal Structure of RebH, a FAD-dependent halogenase from Lechev...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oa1

タイトル

Crystal Structure of RebH, a FAD-dependent halogenase from Lechevalieria aerocolonigenes, the L-Tryptophan with FAD complex

要素

Tryptophan halogenase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / FLAVOPROTEIN / RebH / Rebeccamycin / halogenase / flavin

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan 7-halogenase / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 2O9Z / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Bitto, E. / Bingman, C.A. / Singh, S. / Phillips Jr., G.N.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: The structure of flavin-dependent tryptophan 7-halogenase RebH.
著者: Bitto, E. / Huang, Y. / Bingman, C.A. / Singh, S. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.

履歴

登録	2006年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年1月15日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oa1.cif.gz	252.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oa1.ent.gz	197.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oa1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2oa1_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2oa1_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2oa1_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	2oa1_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/2oa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/2oa1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2o9zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p2v-d 7ju0-d 2oal-d 2e4g-d 2o9z-d 6p00-d 4lu6-d 6h44-d 7cu1-d 6ib5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptophan halogenase

B: Tryptophan halogenase

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.492, 114.492, 231.935
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2141- HOH
2	1	B-2065- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 12 - 528 / Label seq-ID: 32 - 548

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tryptophan halogenase / Putative halogenase of tryptophan / Halogenase 分子量: 62540.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア) 株: 39243 / 遺伝子: rbmJ, rebH / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8KHZ8

#1: タンパク質

Tryptophan halogenase / Putative halogenase of tryptophan / Halogenase

分子量: 62540.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)
株: 39243 / 遺伝子: rbmJ, rebH / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8KHZ8

-
非ポリマー , 5種, 1061分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1056 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein Solution (18 mg/ml protein, 0.050 M sodium chloride, 0.010 M TRIS pH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (0.9 M K2HPO4, 0.5 M NaH2PO4) crystals soaked for 22 hours in ...詳細: Protein Solution (18 mg/ml protein, 0.050 M sodium chloride, 0.010 M TRIS pH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (0.9 M K2HPO4, 0.5 M NaH2PO4) crystals soaked for 22 hours in solution of 0.6 M K2HPO4, 0.33 M NaH2PO4, ~0.005 M FAD, ~0.003 M L-tryptophan, 0.030 M NaCl, Cryoprotected with: well solution supplemented with up to 30% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.7 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein Solution (18 mg/ml protein, 0.050 M sodium chloride, 0.010 M TRIS pH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (0.9 M K2HPO4, 0.5 M NaH2PO4) crystals soaked for 22 hours in ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月18日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochromater
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→49.576 Å / Num. obs: 92078 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 20.4 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Χ²: 1.013 / Net I/σ(I): 24.905

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.15-2.2	9.4	0.534	3.628	5634	1.008	90.9
2.2-2.26	11.6	0.529		5897	0.982	95.4
2.26-2.32	14.2	0.506		6099	0.99	98.5
2.32-2.38	17.2	0.481		6229	0.979	99.7
2.38-2.46	20.4	0.444		6125	0.964	99.6
2.46-2.55	22.5	0.395		6197	0.973	99.7
2.55-2.65	23.3	0.318		6183	0.978	99.8
2.65-2.77	23.4	0.238		6179	0.981	99.8
2.77-2.92	23.4	0.179		6182	0.976	99.9
2.92-3.1	23.4	0.137		6216	0.981	99.8
3.1-3.34	23.4	0.099		6194	1.132	99.9
3.34-3.68	23.4	0.077		6215	1.146	99.9
3.68-4.21	23.4	0.058		6202	1.049	99.9
4.21-5.3	23.2	0.049		6234	0.966	99.9
5.3-49.58	22.9	0.05		6292	1.046	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法: 2O9Z
開始モデル: apo form of same protein in same lattice

解像度: 2.15→19.952 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.178 / WR_factor R_work: 0.139 / SU B: 7.782 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.194	4630	5.037 %	RANDOM
R_work	0.152	-	-	-
obs	0.154	91914	98.846 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.031 Å²	0.015 Å²	0 Å²
2-	-	0.031 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.046 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.952 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8468	0	103	1056	9627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	8813
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.412	1.944	11974
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.171	5	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.395	23.217	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.511	15	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.397	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6946
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	4112
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	6019
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	872
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.184	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.245	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.725	1.5	5389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.157	2	8444
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.086	3	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.39	4.5	3530

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4228 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
MEDIUM THERMAL	0.83	2

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.15-2.205	0.362	279	0.259	5938	6833	90.985
2.205-2.265	0.288	322	0.233	5997	6591	95.873
2.265-2.33	0.252	338	0.207	6069	6488	98.752
2.33-2.401	0.232	318	0.194	5900	6241	99.631
2.401-2.478	0.229	293	0.182	5756	6068	99.687
2.478-2.564	0.205	311	0.176	5558	5883	99.762
2.564-2.659	0.205	261	0.173	5417	5688	99.824
2.659-2.765	0.211	316	0.162	5106	5435	99.761
2.765-2.886	0.227	255	0.16	5019	5279	99.905
2.886-3.023	0.199	267	0.156	4747	5019	99.9
3.023-3.183	0.212	238	0.147	4561	4802	99.938
3.183-3.371	0.187	212	0.139	4310	4524	99.956
3.371-3.596	0.181	213	0.131	4052	4266	99.977
3.596-3.874	0.17	201	0.128	3773	3975	99.975
3.874-4.228	0.147	182	0.118	3507	3690	99.973
4.228-4.7	0.143	151	0.113	3179	3332	99.94
4.7-5.378	0.165	179	0.125	2789	2969	99.966
5.378-6.47	0.202	113	0.157	2446	2559	100
6.47-8.704	0.172	117	0.153	1913	2030	100
8.704-19.952	0.144	64	0.133	1247	1315	99.696

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5981	1.0904	1.4431	1.3771	0.6121	2.2037	0.1453	-0.2062	-0.1633	0.2642	-0.1407	0.0569	0.4417	-0.1457	-0.0047	-0.0864	-0.0598	0.0615	-0.1385	0.0076	-0.1323	-21.7857	24.1705	5.9291
2	3.2228	-0.6823	1.5669	2.5824	-1.3006	8.1594	-0.0498	0.1853	-0.4997	-0.2235	-0.0297	-0.2998	0.4862	0.0731	0.0795	-0.0089	-0.0558	0.068	-0.0051	-0.1149	-0.0746	-23.4713	18.595	-24.3333
3	2.0579	0.8244	1.2321	1.0822	0.8382	2.084	-0.0148	0.0692	-0.2136	0.1044	-0.0869	-0.0267	0.5897	0.0121	0.1017	0.0134	-0.0565	0.0732	-0.1526	-0.0206	-0.0782	-23.2373	15.1988	-1.5985
4	0.9466	-0.3124	1.8545	1.3971	-0.8319	5.9325	0.058	-0.1833	0.1083	0.4057	-0.1109	0.0061	-0.3824	0.0715	0.0529	-0.1296	-0.0791	0.0297	-0.093	-0.0182	-0.1369	-15.5382	45.6112	18.0693
5	0.7716	-0.2205	0.1266	5.522	-1.521	2.6472	-0.0193	-0.0801	-0.0948	0.5971	0.034	0.6046	0.2284	-0.4107	-0.0147	-0.0931	-0.1422	0.12	-0.0475	-0.0277	-0.0671	-39.5678	25.0127	6.9906
6	1.0633	0.7893	0.5275	1.9996	0.3506	1.9332	0.0064	-0.0774	0.0398	0.0222	-0.0587	0.0865	0.1203	0.0356	0.0523	-0.2291	-0.0315	0.0058	-0.1426	0.0048	-0.1926	-15.8364	39.1049	3.5485
7	2.0928	0.5159	0.3163	0.882	0.1462	2.3764	-0.0971	0.4177	0.326	-0.0682	0.0611	0.2182	-0.1214	-0.152	0.036	-0.1906	-0.0437	0.0145	-0.0512	0.0041	-0.1012	-32.449	36.5597	-10.3402
8	3.4611	0.9157	4.4623	0.7685	-0.299	9.913	0.0145	0.0946	-0.1154	0.1011	-0.1487	-0.2942	0.4861	0.2981	0.1341	-0.1045	-0.0319	0.0379	0.0474	-0.043	-0.03	-15.2985	25.8406	-13.1942
9	1.2986	-0.0487	-0.5164	0.1831	-0.012	5.5488	-0.1815	0.4068	-0.1409	-0.0865	0.1111	0.0161	0.7387	0.1531	0.0704	-0.0439	-0.1069	0.0359	0.0079	-0.0902	-0.1069	-26.2058	20.4125	-23.5666
10	3.3785	-0.596	1.0798	10.4494	-0.9837	10.9715	-0.2317	0.2953	-0.8783	0.0328	-0.1085	0.2167	1.872	0.3455	0.3402	0.088	-0.0018	0.1499	0.0284	-0.1014	0.0779	-26.2915	2.1567	-3.1619
11	5.6978	-0.6651	2.3332	0.9627	0.1496	2.6205	-0.015	0.5184	-0.0021	-0.1358	-0.0791	-0.0497	0.1383	0.0043	0.0941	-0.2152	0.0078	0.0181	0.013	-0.0716	-0.1514	-6.7274	30.0661	-42.1759
12	2.959	1.4097	0.8315	2.673	0.7566	2.1655	0.0866	0.0678	-0.2448	0.1111	0.0634	-0.1778	0.2161	0.3549	-0.1499	-0.3156	0.0491	-0.0005	-0.0301	0.0324	-0.1579	15.8438	36.4153	-26.9981
13	6.2938	2.92	1.9882	6.694	1.4455	5.0025	-0.0248	-0.4558	-0.3432	0.2214	0.0158	-0.0055	0.4084	0.1249	0.009	-0.1694	0.0229	0.0316	0.0094	0.0784	-0.1571	8.747	33.3114	-3.8491
14	2.2639	-0.3792	0.7415	0.4102	0.0548	1.447	0.075	0.3598	-0.0477	-0.0499	-0.1182	-0.0123	0.1509	0.0313	0.0432	-0.2545	-0.0313	0.0438	-0.0362	0.0078	-0.1228	-1.9736	35.0334	-38.077
15	1.6847	-0.1242	-0.0839	2.041	0.1905	2.4226	0.0697	0.3796	0.1462	-0.1916	-0.0836	-0.0179	-0.0992	0.1846	0.014	-0.3088	-0.0293	0	0.0585	0.0378	-0.1631	15.7176	45.9428	-37.2621
16	3.7968	-0.0425	0.7362	0.9284	0.0088	1.7116	-0.0057	0.0856	0.1174	0.0615	-0.0386	0.0368	0.0489	-0.1268	0.0442	-0.2809	-0.0171	0.0211	-0.0477	-0.0225	-0.1691	-11.5397	39.6865	-33.2361
17	2.1211	0.1327	-0.2746	0.0461	-0.2789	1.8501	0.1404	-0.2863	0.3632	0.0853	-0.1017	0.2653	-0.148	-0.0542	-0.0387	-0.2334	-0.0054	0.0342	-0.0381	-0.0042	-0.0977	3.2697	50.741	-20.0174
18	3.6144	1.6703	4.2953	1.0219	2.918	8.5861	0.1317	-0.0115	-0.1726	0.2026	-0.2581	0.2605	0.6036	-0.0471	0.1264	-0.1306	-0.0491	0.0355	0.0195	0.0478	-0.0427	-2.5975	30.7055	-16.3655
19	0.7627	0.3516	-1.0689	0.5829	0.2687	3.1459	0.0768	-0.3669	-0.0987	0.1219	-0.1119	0.0187	0.4033	0.214	0.035	-0.2021	-0.0034	-0.0118	0.0482	0.0623	-0.1162	8.4387	34.91	-6.3259
20	5.0581	0.3894	-2.3121	7.8945	1.1807	12.9512	-0.0679	0.0129	-0.6652	-0.2717	-0.1175	-0.5394	1.7166	0.4849	0.1854	-0.082	0.1371	0.079	-0.0378	0.0544	0.0591	21.2738	20.4998	-27.0163

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	12 - 120	32 - 140
2	2	A	A	121 - 138	141 - 158
3	3	A	A	139 - 199	159 - 219
4	4	A	A	200 - 254	220 - 274
5	5	A	A	255 - 336	275 - 356
6	6	A	A	337 - 398	357 - 418
7	7	A	A	399 - 446	419 - 466
8	8	A	A	447 - 473	467 - 493
9	9	A	A	474 - 517	494 - 537
10	10	A	A	518 - 528	538 - 548
11	11	B	B	12 - 75	32 - 95
12	12	B	B	76 - 122	96 - 142
13	13	B	B	123 - 140	143 - 160
14	14	B	B	141 - 254	161 - 274
15	15	B	B	255 - 337	275 - 357
16	16	B	B	338 - 400	358 - 420
17	17	B	B	401 - 446	421 - 466
18	18	B	B	447 - 472	467 - 492
19	19	B	B	473 - 517	493 - 537
20	20	B	B	518 - 528	538 - 548

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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