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万見
- PDB-2o9s: The second SH3 domain from ponsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o9s
タイトルThe second SH3 domain from ponsin
要素Ponsin
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 DOMAIN / PONSIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-substrate junction / zonula adherens / flotillin complex / focal adhesion assembly / stress fiber assembly / cell-substrate adhesion / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of lipid biosynthetic process ...cell-substrate junction / zonula adherens / flotillin complex / focal adhesion assembly / stress fiber assembly / cell-substrate adhesion / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / cytoskeletal protein binding / stress fiber / cell-matrix adhesion / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding / adherens junction / positive regulation of protein localization to plasma membrane / nuclear matrix / cellular response to insulin stimulus / insulin receptor signaling pathway / signaling receptor complex adaptor activity / actin binding / membrane raft / focal adhesion / centrosome / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
c-Cbl associated protein, SH3 domain / c-Cbl associated protein, SH3 domain 1 / c-Cbl associated protein, SH3 domain 2 / SoHo domain / Sorbin homologous domain / SoHo domain profile. / Sorbin homologous domain / : / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain ...c-Cbl associated protein, SH3 domain / c-Cbl associated protein, SH3 domain 1 / c-Cbl associated protein, SH3 domain 2 / SoHo domain / Sorbin homologous domain / SoHo domain profile. / Sorbin homologous domain / : / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Sorbin and SH3 domain-containing protein 1 / Sorbin and SH3 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 0.83 Å
データ登録者Pinotsis, N. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Paxillin and ponsin interact in nascent costameres of muscle cells
著者: Gehmlich, K. / Pinotsis, N. / Hayess, K. / van der Ven, P.F. / Milting, H. / El Banayosy, A. / Wilmanns, M. / Ehler, E.
履歴
登録2006年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ponsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8735
ポリマ－7,6991
非ポリマー1754
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.743, 36.562, 69.124
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ponsin


分子量: 7698.707 Da / 分子数: 1 / 断片: SRC HOMOLOGY 3 (SH3) DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SORBS1 / プラスミド: PET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AED4, UniProt: Q9BX66*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.5M KSCN, 0.1M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8131 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月1日
放射モノクロメーター: Ge SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8131 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.83→30 Å / Num. all: 60392 / Num. obs: 56189 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 4.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 0.83→0.85 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Num. unique all: 3634 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: 2O2W

2o2w


解像度: 0.83→30 Å / Num. parameters: 7073 / Num. restraintsaints: 9649 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1214 1575 2.8 %RANDOM
all0.105 60392 --
obs0.1043 56130 92.7 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 44 / Occupancy sum hydrogen: 539 / Occupancy sum non hydrogen: 677.3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.83→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数605 0 8 173 786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.092
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.107
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.122
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.039
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.058

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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