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- PDB-2o8s: X-ray Crystal Structure of Protein AGR_C_984 from Agrobacterium t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o8s
タイトルX-ray Crystal Structure of Protein AGR_C_984 from Agrobacterium tumefaciens. Northeast Structural Genomics Consortium Target AtR120.
要素AGR_C_984p
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / all alpha-helical protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性AGR_C_984p-like / AGR C 984p-like / Protein of unknown function DUF1217 / AGR-C-984p-like superfamily / Protein of unknown function (DUF1217) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein / DUF1217 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Su, M. / Zhao, L. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Su, M. / Zhao, L. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Hypothetical Protein AGR_C_984 from Agrobacterium tumefaciens, Northeast Structural Genomics Target AtR120.
著者: Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Su, M. / Zhao, L. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2006年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGR_C_984p
B: AGR_C_984p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8364
ポリマ－70,6442
非ポリマー1922
水86548
1
A: AGR_C_984p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4182
ポリマ－35,3221
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AGR_C_984p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4182
ポリマ－35,3221
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.490, 42.490, 332.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 AGR_C_984p


分子量: 35321.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: str. C58 / 遺伝子: locus_tag="AGR_C_984" / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q7D182, UniProt: A0A0F4FZC1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10
詳細: 100mM CAPS, 40% PEG1k, 100mM ammonium sulfate, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月27日 / 詳細: mirrors.
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.73 Å / Num. all: 47420 / Num. obs: 46946 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.76 / Rsym value: 0.58 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 5540 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SOLVE位相決定
XTALVIEW精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.73 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure factors are twinned. Twinning operator : h, -k, -l, Twinning fraction : 0.459 waters picked at level greater than 3.0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2793 3476 -RANDOM
Rwork0.2429 ---
all0.2428 47420 --
obs0.2428 37514 82.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.949 Å20 Å20 Å2
2---3.949 Å20 Å2
3---7.898 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.59 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.81 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3592 0 10 48 3650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 1647 -
Rwork0.244 --
obs-4205 74.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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