PDB-2o81: The Structure of Tandem GA RNA Pairs When Flanking Pairs are isoG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o81

タイトル

The Structure of Tandem GA RNA Pairs When Flanking Pairs are isoG-isoC Pairs

要素

5'-R(*GP*CP*(IG)P*GP*AP*(IC)P*GP*CP*A)-3'

キーワード

RNA / Thermodynamics / secondary structure prediction / sheared GA pair / isoguanosine / isocytidine

機能・相同性

RNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics

データ登録者

Chen, G. / Turner, D.H.

引用

ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2007
タイトル: Stacking Effects on Local Structure in RNA: Changes in the Structure of Tandem GA Pairs when Flanking GC Pairs are Replaced by isoG-isoC Pairs
著者: Chen, G. / Kierzek, R. / Yildirim, I. / Krugh, T.R. / Turner, D.H. / Kennedy, S.D.

履歴

登録	2006年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o81.cif.gz	209.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o81.ent.gz	175.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o81.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2o81_validation.pdf.gz	326.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2o81_full_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示
XML形式データ	2o81_validation.xml.gz	6.8 KB	表示
CIF形式データ	2o81_validation.cif.gz	11.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/2o81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/2o81	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o83C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mfm-7 1xv0-d 6fm8-d 5lr4-1 5lr4-2 2rv1-d 2omp-1 1ehs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 5'-R(*GP*CP*(IG)P*GP*AP*(IC)P*GP*CP*A)-3'

B: 5'-R(*GP*CP*(IG)P*GP*AP*(IC)P*GP*CP*A)-3'

5.82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	18 / 20	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: RNA鎖	5'-R(GPCP(IG)PGPAP(IC)PGPCPA)-3' 分子量: 2909.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 80 mM NaCl, 10 mM sodium phosphate, 0.5 mM Na2EDTA, pH 7.1, 0.7mM RNA duplex concentration, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 7.1 / 温度: 303 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	2.3	Delagio, F.	解析
Sparky	3.11	Goddard, T.D.; Kneller, D.G.	データ解析
Discover	I2000	Molecular Simulations, Inc.	構造決定
Discover	I2000	Molecular Simulations, Inc.	精密化

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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