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万見
- PDB-2o80: Duplex DNA containing an abasic site with an opposite dC (alpha a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o80
タイトルDuplex DNA containing an abasic site with an opposite dC (alpha anomer) in 5'-G_AC-3' (10 structure ensemble and averaged structure)
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*GP*(ORP)P*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*G)-3'
キーワードDNA / DNA damage / APE1 / abasic / AMBER / molecular dynamics
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation
Model type detailsminimized average
データ登録者Chen, J. / Dupradeau, F.Y. / Case, D.A. / Turner, C.J. / Stubbe, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: DNA oligonucleotides with A, T, G or C opposite an abasic site: structure and dynamics.
著者: Chen, J. / Dupradeau, F.Y. / Case, D.A. / Turner, C.J. / Stubbe, J.
履歴
登録2006年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_related
Item: _pdbx_database_related.db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*GP*(ORP)P*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8122
ポリマ－7,8122
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 30structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #11minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*AP*AP*GP*(ORP)P*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3877.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3934.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131E-COSY
141H-P HSQC
151H3'-selective HSQC
262WATERGATE-NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques and H-P heteronuclear experiments

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.5 mM duplex DNA100% D2O
22.5 mM duplex DNA90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110 mM Sodium Phosphate, 0.2 mM EDTA 6.51 atm298 K
210 mM Sodium Phosphate, 0.2 mM EDTA 6.51 atm277 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Custom-built Custom built / 製造業者: Custom-built / モデル: Custom built / 磁場強度: 591 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2001Accelrys Inc.データ解析
MARDIGRASJamesiterative matrix relaxation
Amber8Case et al.精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on 478 NOE-derived distance constraints, 63 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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