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- PDB-2o7m: The C-terminal loop of the homing endonuclease I-CreI is essentia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o7m
タイトルThe C-terminal loop of the homing endonuclease I-CreI is essential for DNA binding and cleavage. Identification of a novel site for specificity engineering in the I-CreI scaffold
要素DNA endonuclease I-CreI
キーワードHYDROLASE / Homing endonuclease / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / chloroplast / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA endonuclease I-CreI
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Prieto, J. / Redondo, P. / Padro, D. / Blanco, F.J. / Paques, F. / Montoya, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: The C-terminal loop of the homing endonuclease I-CreI is essential for site recognition, DNA binding and cleavage
著者: Prieto, J. / Redondo, P. / Padro, D. / Arnould, S. / Epinat, J.C. / Paques, F. / Blanco, F.J. / Montoya, G.
履歴
登録2006年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA endonuclease I-CreI
B: DNA endonuclease I-CreI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8692
ポリマ－35,8692
非ポリマー00
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.088, 69.088, 93.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 DNA endonuclease I-CreI / LAGLIDAG HOMING ENDONUCLEASE / 23S rRNA intron protein


分子量: 17934.631 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-156 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
プラスミド: pet24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P05725, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.0960.25
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.97
シンクロトロンSLS X06SA21
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 41CCD
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
211
反射最高解像度: 2 Å / Num. all: 25943 / Num. obs: 25943 / % possible obs: 93.2 %

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1g9z

1g9z


解像度: 2→34.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.652 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23464 1380 5.1 %RANDOM
Rwork0.18379 ---
obs0.18634 25943 93.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2484 0 0 262 2746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0222530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1371.9673416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7435304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.44225116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.41315484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.0291512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021852
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21166
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.21759
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7851.51589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.70222482
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.09131099
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0494.5934
LS精密化 シェル解像度: 2.005→2.056 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 74 -
Rwork0.222 1289 -
obs--64.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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