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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2o74 | ||||||
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タイトル | Structure of OHCU decarboxylase in complex with guanine | ||||||
![]() | OHCU decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / Decarboxylation / OHCU / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline / HIU / 5-hydroxyisourate | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / allantoin metabolic process / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cendron, L. / Berni, R. / Folli, C. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Zanotti, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase provides insights into the mechanism of uric acid degradation. 著者: Cendron, L. / Berni, R. / Folli, C. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Zanotti, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 220.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 177.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 474.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 487.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 164 / Label seq-ID: 2 - 164
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詳細 | The enzyme is a dimer in solution, there are three dimers in the asymmetric unit (AB, CD, EF) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19768.645 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: zgc:158663 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GUN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 20% (v/v) EtOH, 100mM TrisHCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→88.39 Å / Num. all: 111719 / Num. obs: 111719 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 15859 / % possible all: 97.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2O70 解像度: 1.8→88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 2.97 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.036 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→88 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 1299 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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