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万見
- PDB-2o70: Structure of OHCU decarboxylase from zebrafish -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o70
タイトルStructure of OHCU decarboxylase from zebrafish
要素OHCU decarboxylase
キーワードLYASE / Uric acid / decarboxylation / 5-hydroxyisourate / allantoin
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / allantoin metabolic process / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
UraD-like / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, type 1 / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase superfamily / OHCU decarboxylase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cendron, L. / Berni, R. / Folli, C. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Zanotti, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The structure of 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase provides insights into the mechanism of uric acid degradation.
著者: Cendron, L. / Berni, R. / Folli, C. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Zanotti, G.
履歴
登録2006年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月2日Group: Database references
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OHCU decarboxylase
B: OHCU decarboxylase
C: OHCU decarboxylase
D: OHCU decarboxylase
E: OHCU decarboxylase
F: OHCU decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6126
ポリマ－118,6126
非ポリマー00
水22,0501224
1
A: OHCU decarboxylase
B: OHCU decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5372
ポリマ－39,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15390 Å2
手法PISA
2
C: OHCU decarboxylase
D: OHCU decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5372
ポリマ－39,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
3
E: OHCU decarboxylase
F: OHCU decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5372
ポリマ－39,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.815, 101.815, 103.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 2 - 165 / Label seq-ID: 2 - 165

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
詳細The biological unit is a dimer. There are three dimers in the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質
OHCU decarboxylase / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase


分子量: 19768.645 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: zgc:158663 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A1L259
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 20 % (v/v) EtOH, 100mM TrisHCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2911.07225
シンクロトロンESRF ID2920.97878, 0.97891, 0.97604
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年7月6日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年9月29日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.072251
20.978781
30.978911
40.976041
反射解像度: 1.8→103.69 Å / Num. all: 111211 / Num. obs: 111211 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 16284 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 1.989 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24022 5572 5 %RANDOM
Rwork0.19553 ---
all0.19777 105633 --
obs0.19777 105633 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.501 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20.15 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7895 0 0 1224 9119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0228036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1671.9710844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7425986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.5723.846390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.316151478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2361572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026038
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.34298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.55764
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.51493
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.375
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3010.553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.14225111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73838005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3523239
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.07832839
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A656medium positional0.230.5
2B656medium positional0.190.5
3C656medium positional0.370.5
4D656medium positional0.260.5
5E656medium positional0.220.5
6F656medium positional0.190.5
1A651loose positional0.685
2B651loose positional0.675
3C651loose positional0.815
4D651loose positional0.65
5E651loose positional0.655
6F651loose positional0.645
1A656medium thermal1.522
2B656medium thermal1.382
3C656medium thermal2.882
4D656medium thermal1.212
5E656medium thermal2.352
6F656medium thermal2.352
1A651loose thermal2.3810
2B651loose thermal2.0810
3C651loose thermal3.9110
4D651loose thermal2.0810
5E651loose thermal3.1810
6F651loose thermal3.410
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 391 -
Rwork0.267 7466 -
obs--95.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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