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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2o6w | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Pentapeptide Repeat Protein (Rfr23) from the cyanobacterium Cyanothece 51142 | ||||||
要素 | Repeat Five Residue (Rfr) protein or pentapeptide repeat protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Rfr protein / pentapeptide repeat protein / beta helix | ||||||
機能・相同性 | : / Pentapeptide repeats (8 copies) / Pentapeptide repeat / ARSENIC / Repeat Five Residue (Rfr) protein or pentapeptide repeat protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cyanothece (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kennedy, M.A. / Buchko, G.W. / Ni, S. / Robinson, H. / Pakrasi, H.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008 タイトル: Insights into the structural variation between pentapeptide repeat proteins-Crystal structure of Rfr23 from Cyanothece 51142. 著者: Buchko, G.W. / Robinson, H. / Pakrasi, H.B. / Kennedy, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2o6w.cif.gz | 41.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2o6w.ent.gz | 28.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2o6w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2o6w_validation.pdf.gz | 424.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2o6w_full_validation.pdf.gz | 425.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2o6w_validation.xml.gz | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2o6w_validation.cif.gz | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/2o6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/2o6w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16531.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cyanothece (バクテリア) / 属: Cyanothece / 株: 51142 / 遺伝子: Rfr23 / プラスミド: pET30b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: D0VWX3*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-ARS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.58 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.192 magnesium acetate, 0.096M sodium cacodylate, 10%(w/v) PEG 8000, 10%(w/v) glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月5日 詳細: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochrometer and vertical focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 16261 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.8 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 42.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.53 / Num. unique all: 1159 / Rsym value: 0.335 / % possible all: 61.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å
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