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万見
- PDB-2o6w: Crystal Structure of a Pentapeptide Repeat Protein (Rfr23) from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o6w
タイトルCrystal Structure of a Pentapeptide Repeat Protein (Rfr23) from the cyanobacterium Cyanothece 51142
要素Repeat Five Residue (Rfr) protein or pentapeptide repeat protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Rfr protein / pentapeptide repeat protein / beta helix
機能・相同性: / Pentapeptide repeats (8 copies) / Pentapeptide repeat / ARSENIC / Repeat Five Residue (Rfr) protein or pentapeptide repeat protein
機能・相同性情報
生物種Cyanothece (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kennedy, M.A. / Buchko, G.W. / Ni, S. / Robinson, H. / Pakrasi, H.B.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Insights into the structural variation between pentapeptide repeat proteins-Crystal structure of Rfr23 from Cyanothece 51142.
著者: Buchko, G.W. / Robinson, H. / Pakrasi, H.B. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2006年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Repeat Five Residue (Rfr) protein or pentapeptide repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6062
ポリマ－16,5311
非ポリマー751
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.391, 106.391, 52.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

ARS

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要素

#1: タンパク質 Repeat Five Residue (Rfr) protein or pentapeptide repeat protein


分子量: 16531.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cyanothece (バクテリア) / 属: Cyanothece / 株: 51142 / 遺伝子: Rfr23 / プラスミド: pET30b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: D0VWX3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ARS / ARSENIC / ひ素


分子量: 74.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: As
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.58 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.192 magnesium acetate, 0.096M sodium cacodylate, 10%(w/v) PEG 8000, 10%(w/v) glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月5日
詳細: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochrometer and vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 16261 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.8 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 42.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.53 / Num. unique all: 1159 / Rsym value: 0.335 / % possible all: 61.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2623 1513 -random
Rwork0.2507 ---
obs-16261 85.4 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.641 Å2--
2--15.641 Å2-
3----31.282 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1129 0 1 62 1192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006295
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.07784
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2637 1513 -
Rwork0.2507 --
obs-28646 85.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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