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- PDB-2o62: CRYSTAL STRUCTURE OF A PROTEIN WITH UNKNOWN FUNCTION FROM DUF3598... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o62
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PROTEIN WITH UNKNOWN FUNCTION FROM DUF3598 FAMILY (NPUN_R4044) FROM NOSTOC PUNCTIFORME PCC 73102 AT 1.75 A RESOLUTION
要素hypothetical protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of division septum assembly / cell division
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3598, Biogenesis factor required for ATP synthase 1-like / Domain of unknown function (DUF3598), N-terminal / Cell division topological specificity factor MinE / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF3598 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc punctiforme (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (ZP_00105914.2) from Nostoc punctiforme PCC 73102 at 1.75 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ...BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.
Remark 999SEQUENCE (1) THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE (1) THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE, FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. (2) THE SEQUENCE OF THE PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT UNP DATABASE AT THE TIME OF PROCESSING. (3) THE SEQUENCE IS AVAILABLE FROM GENBANK UNDER ACCESSION ID ZP_00105914.2 AND FROM THE UNIPROT ARCHIVE UNDER ACCESSION ID UPI000045C1C7.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,45019
ポリマ－60,9982
非ポリマー1,45217
水9,116506
1
A: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,30711
ポリマ－30,4991
非ポリマー80810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1448
ポリマ－30,4991
非ポリマー6457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.210, 71.880, 132.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 30499.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: PCC 73102 / 遺伝子: ZP_00105914.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2J6L8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 6.3
詳細: 0.2M NH4Cl, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97939
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月20日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→29.148 Å / Num. obs: 56361 / % possible obs: 93.7 % / Biso Wilson estimate: 24.116 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 9.71
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsDiffraction-ID% possible all
1.75-1.810.4621.614596170.4
1.81-1.890.3832.423510180.4
1.89-1.970.2923.726700189.3
1.97-2.070.2445.239530198.9
2.07-2.20.2026.443832199.8
2.2-2.370.1697.643734199.9
2.37-2.610.1349.244214199.9
2.61-2.990.09712.444060199.9
2.99-29.10.05418.943890199.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
SHARP位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.148 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.28 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.114
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. CHLORINE AND GLYCEROL MODELED BASED ON CRYSTALLIZATION CONDITIONS. 5. RESIDUES B182-186 HAVE VERY POOR DENSITY, AND WERE MODELED BASED ON THE CORRESPONDING RESDIUES IN CHAIN A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 2834 5 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.168 56308 93.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.992 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.08 Å20 Å20 Å2
2---1.18 Å20 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.148 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4225 0 92 506 4823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224440
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6411.9816004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82839520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7065556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78323.832214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.50715756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3691541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024927
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02916
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.24346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.22072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.23076
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2760.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2470.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0591.52783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2671.51118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63624338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.64531873
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1744.51656
LS精密化 シェル解像度: 1.748→1.794 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 164 -
Rwork0.246 2888 -
obs-3052 70.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65850.458-0.22831.4993-0.20220.56350.032-0.068-0.00580.0363-0.0325-0.167-0.03630.13860.0005-0.06740.00690.004-0.07590.0033-0.094715.54316.63131.559
20.69030.4863-0.03891.47810.0791.35070.001-0.0022-0.05710.0228-0.00840.16050.0233-0.08050.0073-0.07860.01570.0015-0.11490.0026-0.08740.0244.62327.64
30.66580.1889-0.00772.3142-0.3991.43530.01630.0237-0.1117-0.021-0.03450.13760.1425-0.10460.0182-0.1040.0052-0.0077-0.0549-0.0043-0.072316.784-4.03659.427
41.34290.3530.59681.86920.51641.01040.01150.10790.0886-0.1314-0.0157-0.1244-0.10490.22550.0042-0.0847-0.00430.0265-0.02360.0204-0.064531.4269.40762.161
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA2 - 1323 - 133
22AA133 - 269134 - 270
33BB2 - 1323 - 133
44BB133 - 269134 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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