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- PDB-2o5w: Structure of the E. coli dihydroneopterin triphosphate pyrophosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o5w
タイトルStructure of the E. coli dihydroneopterin triphosphate pyrophosphohydrolase in complex with Sm+3 and pyrophosphate
要素dATP pyrophosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / dihydroneopterin triphosphate pyrophosphohydrolase nudix nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase mutt
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroneopterin triphosphate diphosphatase / dihydroneopterin triphosphate pyrophosphohydrolase activity / dATP diphosphatase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dihydroneopterin triphosphate diphosphatase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE / SAMARIUM (III) ION / Dihydroneopterin triphosphate diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gabelli, S.B. / Bianchet, M.A. / Amzel, L.M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structure and function of the E. coli dihydroneopterin triphosphate pyrophosphatase: a Nudix enzyme involved in folate biosynthesis.
著者: Gabelli, S.B. / Bianchet, M.A. / Xu, W. / Dunn, C.A. / Niu, Z.D. / Amzel, L.M. / Bessman, M.J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Escherichia coli orf17 codes for a nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase member of the mutt family of proteins
著者: O'Handley, S.F. / Frick, D.N. / Bullions, L.C. / Mildvan, A.S. / Bessman, M.J.
履歴
登録2006年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dATP pyrophosphohydrolase
B: dATP pyrophosphohydrolase
C: dATP pyrophosphohydrolase
D: dATP pyrophosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,54815
ポリマ－69,3114
非ポリマー1,23711
水1,24369
1
A: dATP pyrophosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8716
ポリマ－17,3281
非ポリマー5435
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: dATP pyrophosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6704
ポリマ－17,3281
非ポリマー3423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: dATP pyrophosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6794
ポリマ－17,3281
非ポリマー3513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: dATP pyrophosphohydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3281
ポリマ－17,3281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.416, 42.909, 108.328
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-165-

SO4

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
dATP pyrophosphohydrolase


分子量: 17327.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nudB, ntpA / プラスミド: pet11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3)
参照: UniProt: P0AFC0, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

-
非ポリマー , 5種, 80分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.3-1.5 AMMONIUM SULFATE, 1% PROPANOL, 3-5 MM DTT, 4MM SODIUM PYROPHOSPHATE, 100MM NA HEPES, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→19.97 Å / Num. obs: 14304 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.096
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Rsym value: 0.326 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 15.321 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.473 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 729 5.1 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.2 13574 87.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.097 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å21.72 Å2
2---1.97 Å20 Å2
3---2.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4706 0 43 69 4818
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1521.9416604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8315573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50823.457243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.21215821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8431544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22049
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.23233
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4161.52894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.79624715
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69732055
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7094.51889
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 62 -
Rwork0.3 921 -
obs-983 81.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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