[日本語] English
万見
- PDB-2o5v: Recombination mediator RecF -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o5v
タイトルRecombination mediator RecF
要素DNA replication and repair protein recF
キーワードReplication/Recombination / ABC ATPase / Walker A motif / P-loop / signature motif / Replication-Recombination COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / DNA synthesis involved in DNA repair / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA replication / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RecF/RecN/SMC, N-terminal domain / DNA-binding, RecF, conserved site / RecF protein signature 1. / RecF protein signature 2. / DNA-binding, RecF / DNA-binding RecF, domain 2 / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...RecF/RecN/SMC, N-terminal domain / DNA-binding, RecF, conserved site / RecF protein signature 1. / RecF protein signature 2. / DNA-binding, RecF / DNA-binding RecF, domain 2 / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication and repair protein RecF
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Korolev, S. / Koroleva, O.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural conservation of RecF and Rad50: implications for DNA recognition and RecF function.
著者: Koroleva, O. / Makharashvili, N. / Courcelle, C.T. / Courcelle, J. / Korolev, S.
履歴
登録2006年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA replication and repair protein recF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2842
ポリマ－39,1881
非ポリマー961
水9,008500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.897, 87.419, 52.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 DNA replication and repair protein recF


分子量: 39187.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: recF / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9RVE0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.5M (NH4)2SO4 20% Sucrose, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97959
シンクロトロンAPS 19-ID20.97934
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月5日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979591
20.979341
反射解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 41165 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.61→1.67 Å / 冗長度: 49.2 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 4954

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.61→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 1.788 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21423 2084 5.1 %RANDOM
Rwork0.1667 ---
obs0.16907 39056 80.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.471 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å2-0.61 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2737 0 5 500 3242
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212781
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5791.9893768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92434651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0555357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.37622.5132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89315463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8241538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.22215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21377
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21545
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.140.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2730.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6381.52305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2931.5737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73322801
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.98731124
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4964.5967
LS精密化 シェル解像度: 1.612→1.654 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 76 -
Rwork0.255 1205 -
obs--34.11 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る