PDB-2o5r: Crystal structure of Glutamyl-tRNA synthetase 1 (EC 6.1.1.17) (Gl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o5r

タイトル

Crystal structure of Glutamyl-tRNA synthetase 1 (EC 6.1.1.17) (Glutamate-tRNA ligase 1) (GluRS 1) (TM1351) from Thermotoga maritima at 2.5 A resolution

要素

Glutamyl-tRNA synthetase 1

キーワード

LIGASE / TM1351 / Glutamyl-tRNA synthetase 1 / EC 6.1.1.17 / Glutamate-tRNA ligase 1 / GluRS 1 / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散,

分子置換 / MAD/molecular replacement / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Glutamyl-tRNA synthetase 1 (EC 6.1.1.17) (Glutamate-tRNA ligase 1) (GluRS 1) (TM1351) from Thermotoga maritima at 2.5 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.7	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.8	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAINS. ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o5r.cif.gz	111.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o5r.ent.gz	83.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o5r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2o5r_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2o5r_full_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示
XML形式データ	2o5r_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	2o5r_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/2o5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/2o5r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1g59S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pny-3 3pnv-2 1gln-d 3pnv-1 5h4v-4 5h4v-1 3mkr-d 5h4v-5 5h4v-3 2cfo-2 2cfo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283212

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Glutamyl-tRNA synthetase 1

ヘテロ分子

57.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.953, 69.953, 283.945
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Glutamyl-tRNA synthetase 1 / Glutamate-tRNA ligase 1 / GluRS 1 分子量: 56851.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: gltX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X172, glutamate-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.11 % 解説: THE EXPERIMENTAL MAD MAP WAS PARTIALLY AUTOTRACED WITH RESOLVE. TO AID IN COMPLETING THE TRACE, A MOLECULAR REPLACEMENT SOLUTION (USING 1G59 CHAIN-A AS A SEARCH MODEL) THAT HAD BEEN PARTIALLY ...解説: THE EXPERIMENTAL MAD MAP WAS PARTIALLY AUTOTRACED WITH RESOLVE. TO AID IN COMPLETING THE TRACE, A MOLECULAR REPLACEMENT SOLUTION (USING 1G59 CHAIN-A AS A SEARCH MODEL) THAT HAD BEEN PARTIALLY REFINED AGAINST A LOWER RESOLUTION TM1351 DATA SET WAS SUPERIMPOSED ON AUTOTRACED MODEL.
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 8 詳細: 0.2M CaAcetate, 10.0% PEG-8000, 0.1M Imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 3.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.11 %
解説: THE EXPERIMENTAL MAD MAP WAS PARTIALLY AUTOTRACED WITH RESOLVE. TO AID IN COMPLETING THE TRACE, A MOLECULAR REPLACEMENT SOLUTION (USING 1G59 CHAIN-A AS A SEARCH MODEL) THAT HAD BEEN PARTIALLY ...

結晶化

温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 8
詳細: 0.2M CaAcetate, 10.0% PEG-8000, 0.1M Imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.94926, 0.97925, 0.97939

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月11日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.94926	1
2	0.97925	1
3	0.97939	1

反射

解像度: 2.34→47.351 Å / Num. obs: 35284 / % possible obs: 99.9 % / B_iso Wilson estimate: 46.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 6.6

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.012 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	% possible all
2.34-2.42	7.26	1.6	24134	3322	100
2.42-2.52	7.25	1.8	25713	3546	100
2.52-2.63	7.25	2.1	24079	3323	100
2.63-2.77	7.17	2.6	25316	3530	100
2.77-2.95	7.23	3.5	26104	3609	100
2.95-3.17	7.21	5.2	24526	3401	100
3.17-3.49	7.1	7.6	25200	3550	100
3.49-3.99	6.91	11.2	24238	3508	99.9
3.99-5.02	6.93	14	25222	3638	100
5.02-47.4	6.57	14.9	25324	3857	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: MAD/molecular replacement

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELX		位相決定
SOLVE		位相決定
MOLREP		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XSCALE		データスケーリング
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散,

分子置換
開始モデル: pdb entry 1G59 Chain A

1g59

解像度: 2.34→47.351 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 27.009 / SU ML: 0.278 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.247
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	1524	5 %	RANDOM
R_work	0.234	-	-	-
obs	0.236	30264	85.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.855 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	-0.09 Å²	0 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→47.351 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3828	0	9	60	3897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3927
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2833
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.427	1.983	5293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.235	3	6859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.06	5	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.887	23.298	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.179	15	718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.053	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	833
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.144	0.2	717
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.117	0.2	2728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.146	0.2	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.067	0.2	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.078	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.104	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.111	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.347	1.5	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.044	1.5	937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.528	2	3781
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.662	3	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.998	4.5	1512

LS精密化シェル

解像度: 2.34→2.401 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.391	129	-
R_work	0.404	2431	-
obs	-	2560	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0815	-0.8882	0.0073	1.9659	0.1736	4.1959	0.0288	0.2538	0.1672	-0.1355	-0.0336	-0.0268	0.1633	0.1744	0.0048	0.6862	0.2821	-0.1361	0.2733	-0.0828	0.1222	-43.074	12.47	39.495
2	3.205	1.862	3.7834	1.2002	2.1741	5.9364	0.3974	0.3872	-0.1142	0.0575	0.0133	-0.2789	-0.0715	0.997	-0.4107	0.7352	0.1762	-0.0815	0.6777	-0.1432	0.3207	-23.236	25.07	82.786

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1 - 251	13 - 263
2	2	252 - 468	264 - 480

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関連情報:EMDBヘッダ

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