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- PDB-2o5c: Structure of E. coli topoisomerase III in complex with an 8-base ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o5c
タイトルStructure of E. coli topoisomerase III in complex with an 8-base single stranded oligonucleotide. Frozen in glucose pH 5.5
要素
  • 5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3'
  • DNA topoisomerase 3
キーワードISOMERASE/DNA / topoisomerase type IA complex with ssDNA / ISOMERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic replication fork / sequence-specific single stranded DNA binding / chromosome separation / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase III / DNA topoisomerase 3-like, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 ...DNA topoisomerase III / DNA topoisomerase 3-like, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / Topoisomerase I; domain 3 / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Distorted Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMINE / DNA / DNA topoisomerase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Changela, A. / DiGate, R.J. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Studies of E. coli Topoisomerase III-DNA Complexes Reveal a Novel Type IA Topoisomerase-DNA Conformational Intermediate.
著者: Changela, A. / Digate, R.J. / Mondragon, A.
履歴
登録2006年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3'
A: DNA topoisomerase 3
B: DNA topoisomerase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,2747
ポリマ－153,0774
非ポリマー1973
水6,413356
1
C: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3'
A: DNA topoisomerase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6094
ポリマ－76,5382
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3'
B: DNA topoisomerase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6643
ポリマ－76,5382
非ポリマー1261
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.210, 102.210, 443.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-822-

HOH

詳細Complex of E. coli topoisomerase III with DNA. Two molecules in the asymmetric unit in the same conformation

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3'


分子量: 2386.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 DNA topoisomerase 3 / DNA topoisomerase III


分子量: 74151.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: topB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14294, DNA topoisomerase
#3: 化合物 ChemComp-TDR / THYMINE / チミン


分子量: 126.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6N2O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.5 M (NH4)SO4, 0.1M Sodium citrate, 0.5 M NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)SO411
2Sodium citrate11
3NaCl11
4HOH11
5(NH4)SO412
6Sodium citrate12
7NaCl12
8HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9479 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9479 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→29.147 Å / Num. obs: 95028 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. measured all: 9173 / Num. unique all: 5343 / Rsym value: 0.215 / % possible all: 74.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D6M, 1I7D

1d6m

1i7d


解像度: 2.35→29.147 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 11.027 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 4758 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.209 95011 95.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.855 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10062 276 11 356 10705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02210601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1631.99314426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.34251261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.84523.353501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.352151771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6081598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028035
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.24430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.27087
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1020.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.20936553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94410218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.01134670
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.38534208
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 259 -
Rwork0.263 5081 -
obs-5340 73.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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