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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2o4d | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a hypothetical protein from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
![]() | Hypothetical protein PA0269 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McGrath, T.E. / Battaile, K. / Kisselman, G. / Romanov, V. / Wu-Brown, J. / Virag, C. / Ng, I. / Kimber, M. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a hypothetical protein from Pseudomonas aeruginosa 著者: McGrath, T.E. / Battaile, K. / Kisselman, G. / Romanov, V. / Wu-Brown, J. / Virag, C. / Ng, I. / Kimber, M. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18626.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Tris pH7.6, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 1.6M dipotassium hydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月12日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979337962 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 14576 / Num. obs: 14543 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 28.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 20.2 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Num. unique all: 1421 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.679 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.852→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.7137 Å / Origin y: 33.0654 Å / Origin z: 12.2671 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |