PDB-2o2z: Crystal structure of a protein member of the upf0052 family (bh35...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o2z

タイトル

Crystal structure of a protein member of the upf0052 family (bh3568) from bacillus halodurans at 2.60 A resolution

要素

hypothetical protein

キーワード

NAD-BINDING PROTEIN / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

LPPG:FO 2-phospho-L-lactate transferase activity / regulation of cell shape / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (NP_244435.1) from Bacillus halodurans at 2.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年12月25日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ...

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o2z.cif.gz	247.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o2z.ent.gz	199.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o2z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/2o2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/2o2z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2hzb-2 2hzb-1 4e84-d 3bf5-d 1t8l-d 5vug-1 4e8y-1 1cbw-d 4z0z-2 5byd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 372969

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

C: hypothetical protein

D: hypothetical protein

ヘテロ分子

143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
71.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: hypothetical protein

D: hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
71.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.430, 143.640, 233.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	A
6	1	B
7	1	C
8	1	D
9	1	A
10	1	B
11	1	C
12	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	VAL	VAL	2	A	A	4 - 118	5 - 119
2	1	LYS	LYS	VAL	VAL	2	B	B	4 - 118	5 - 119
3	1	LYS	LYS	VAL	VAL	2	C	C	4 - 118	5 - 119
4	1	LYS	LYS	VAL	VAL	2	D	D	4 - 118	5 - 119
5	2	ARG	ARG	ARG	ARG	6	A	A	119	120
6	2	ARG	ARG	ARG	ARG	6	B	B	119	120
7	2	ARG	ARG	ARG	ARG	6	C	C	119	120
8	2	ARG	ARG	ARG	ARG	6	D	D	119	120
9	3	GLY	GLY	ILE	ILE	2	A	A	120 - 310	121 - 311
10	3	GLY	GLY	ILE	ILE	2	B	B	120 - 310	121 - 311
11	3	GLY	GLY	ILE	ILE	2	C	C	120 - 310	121 - 311
12	3	GLY	GLY	ILE	ILE	2	D	D	120 - 310	121 - 311

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	hypothetical protein 分子量: 34834.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 遺伝子: NP_244435.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K706
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 8.5 詳細: 40.0% polyethylene glycol 400, 0.2M lithium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9797

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月31日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9797 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→29.437 Å / Num. obs: 54381 / % possible obs: 99.6 % / B_iso Wilson estimate: 45.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 15.41

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	% possible all
2.6-2.69	0.401	2.9	33997	97.5
2.69-2.8	0.339	3.7	40153	100
2.8-2.93	0.273	4.7	40574	100
2.93-3.08	0.196	6.9	38502	100
3.08-3.27	0.144	9.3	39080	100
3.27-3.52	0.095	13.7	39277	99.9
3.52-3.88	0.06	20.8	40256	100
3.88-4.43	0.046	26.6	38861	99.9
4.43-5.57	0.043	29.7	39206	99.9
5.57-29.4	0.029	35	39032	98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.437 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 16.706 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.255
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ONE NAD IS ASSOCIATED WITH EACH MONOMER. NAD IS ASSIGNED BASED ON ELECTRON DENSITY. THE ASSIGNMENT IS TENTATIVE DUE TO POOR DENSITY ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	2764	5.1 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.19	54312	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.271 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.86 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.437 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9095	0	216	280	9591

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	9442
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6217
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.5	2.018	12822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.92	3	15382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.492	5	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.56	24.936	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.916	15	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.814	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	6251
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	5055
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.081	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.342	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.174	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.098	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.566	3	6313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.238	3	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.6	5	9827
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.899	8	3518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.797	11	2995

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1766	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	B	1766	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	C	1766	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
4	D	1766	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	1869	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
2	B	1869	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
3	C	1869	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
4	D	1869	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
1	A	6	LOOSE POSITIONAL	0.13	5
2	B	6	LOOSE POSITIONAL	0.33	5
3	C	6	LOOSE POSITIONAL	0.38	5
4	D	6	LOOSE POSITIONAL	0.62	5
1	A	1766	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
2	B	1766	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
3	C	1766	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
4	D	1766	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
1	A	1869	MEDIUM THERMAL	0.88	2
2	B	1869	MEDIUM THERMAL	0.78	2
3	C	1869	MEDIUM THERMAL	0.7	2
4	D	1869	MEDIUM THERMAL	0.73	2
1	A	6	LOOSE THERMAL	0.97	10
2	B	6	LOOSE THERMAL	1.42	10
3	C	6	LOOSE THERMAL	1.24	10
4	D	6	LOOSE THERMAL	1.29	10

LS精密化シェル

解像度: 2.599→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	205	-
R_work	0.235	3654	-
obs	-	3859	97.8 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)