PDB-2o2b: Spectroscopic and Structural Study of the Heterotropic Linkage be...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o2b

タイトル

Spectroscopic and Structural Study of the Heterotropic Linkage between Halide and Proton Ion Binding to Gfp Proteins: E2(GFP)-I Complex

要素

Green fluorescent protein

キーワード

LUMINESCENT PROTEIN / LUMINESCENCE / GREEN FLUORESCENT PROTEIN / GFP / E2 / BIOLUMINESCENCE / PHOTOACTIVE PROTEIN / FLUORESCENT CHLORIDE / BROMIDE / IODINE / HALOGEN

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Garau, G.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2007
タイトル: Spectroscopic and Structural Study of Proton and Halide Ion Cooperative Binding to GFP.
著者: Arosio, D. / Garau, G. / Ricci, F. / Marchetti, L. / Bizzarri, R. / Beltram, F.

履歴

登録	2006年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage ...database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o2b.cif.gz	65.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o2b.ent.gz	46.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o2b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2o2b_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2o2b_full_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示
XML形式データ	2o2b_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	2o2b_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/2o2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/2o2b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h6vSC 2o24C 2o29C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2o29-d 3ako-1 5n9o-d 3dqc-d 5bt0-2 6ofn-2 7a7o-d 6ogc-1 7a8o-d 5btt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

ヘテロ分子

28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.066, 62.854, 69.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 27518.010 Da / 分子数: 1 / 変異: F64L, T203Y, H231L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION 分子量: 126.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.51 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 14% (W/V) PEG 3350, 100 MM NH4 ACETATE, 0.2 M NH4I, PH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 100K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.54178
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→46.499 Å / Num. obs: 16918 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.13 / R_sym value: 0.13 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / R_sym value: 0.438 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2H6V

2h6v

解像度: 1.94→18.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 3.963 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23422	841	5 %	RANDOM
R_work	0.1816	-	-	-
obs	0.18416	15877	97.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.641 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→18.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1886	0	9	148	2043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.636	1.968	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.274	3	3173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.973	5	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.53	25.312	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.384	15	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.308	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	376
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.265	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	886
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	1.201	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.269	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.112	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.856	1.5	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.197	1.5	474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.385	2	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.158	3	834
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.396	4.5	739
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	57	-
R_work	0.3	1009	-
obs	-	-	85.55 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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