PDB-2o1c: Structure of the E. coli dihydroneopterin triphosphate pyrophosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o1c

タイトル

Structure of the E. coli dihydroneopterin triphosphate pyrophosphohydrolase

要素

dATP pyrophosphohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Nudix NTP hydrolase NTP pyrophosphohydrolase MutT dihydroneopterin triphosphate pyrophosphohydrolase folate biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroneopterin triphosphate diphosphatase / dihydroneopterin triphosphate pyrophosphohydrolase activity / dATP diphosphatase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Gabelli, S.B. / Bianchet, M.A. / Amzel, L.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structure and function of the E. coli dihydroneopterin triphosphate pyrophosphatase: a Nudix enzyme involved in folate biosynthesis.
著者: Gabelli, S.B. / Bianchet, M.A. / Xu, W. / Dunn, C.A. / Niu, Z.D. / Amzel, L.M. / Bessman, M.J.

履歴

登録	2006年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o1c.cif.gz	140.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o1c.ent.gz	112.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2o1c_validation.pdf.gz	484.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2o1c_full_validation.pdf.gz	493.8 KB	表示
XML形式データ	2o1c_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	2o1c_validation.cif.gz	45.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/2o1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/2o1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o5wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2o5w-1 3vyk-d 2o5w-2 5u7h-d 4mpo-3 3c8o-2 2ox8-1 2l47-d 3dea-2 2xr5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: dATP pyrophosphohydrolase

B: dATP pyrophosphohydrolase

C: dATP pyrophosphohydrolase

D: dATP pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

70.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: dATP pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: dATP pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: dATP pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: dATP pyrophosphohydrolase

登録者が定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.104, 42.579, 106.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.69, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-191- HOH
2	1	B-310- HOH

詳細

The biological assembly is a monomer.

#1: タンパク質	dATP pyrophosphohydrolase 分子量: 17327.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: HB101 / 遺伝子: nudB, ntpA / プラスミド: pet11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) 参照: UniProt: P0AFC0, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE 分子量: 177.975 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄O₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 1.3-1.5 Ammonium sulfate, 1% propanol, 3-5 mM DTT, 4mM sodium pyrophosphate, 100mM Na Hepes pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	298	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X4A		1	1.1
回転陽極			RIGAKU RU200	2	1.541

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
FUJI	1	IMAGE PLATE	1997年4月10日
RIGAKU RAXIS IIC	2	IMAGE PLATE	1998年8月8日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	mirrors	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	graphite	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1	1
2	1.541	1

反射

解像度: 1.8→95.945 Å / Num. obs: 44935 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

解像度: 1.8→1.88 Å / R_sym value: 0.342 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
DENZO		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.8→95.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 7.09 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.289	2238	5 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
obs	0.229	44933	95.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.949 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	0.64 Å²
2-	-	-0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→95.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4706	0	47	611	5364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4854
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.237	1.943	6611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.736	5	573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.783	23.457	243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.036	15	821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.88	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	739
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	3258
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.414	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.519	1.5	2999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.838	2	4715
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.411	3	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.132	4.5	1896

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	181	-
R_work	0.256	3128	-
obs	-	3309	94.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.241	-0.2338	0.2341	1.1599	0.1784	0.8666	-0.0425	-0.0694	0.0543	0.1719	-0.0028	-0.0468	-0.0266	0.0269	0.0452	-0.0547	-0.006	-0.004	-0.0395	0.0035	-0.0086	-16.353	2.464	63.441
2	1.4338	0.037	0.4277	0.9079	-0.0608	0.5605	-0.0125	0.0458	-0.0329	-0.1499	-0.0076	0.0352	0.0117	0.0429	0.0201	-0.0561	0.002	-0.0099	-0.0416	-0.0082	0.0049	21.717	2.537	57.145
3	2.2248	-0.1183	0.5587	1.0498	-0.0013	1.9704	-0.0583	-0.2229	-0.1726	0.1539	-0.0136	0.0459	-0.2041	0.0748	0.072	-0.0017	-0.019	0.0127	-0.0155	0.0388	-0.1228	-27.025	24.306	88.516
4	1.4696	-0.2785	0.2541	1.3923	-0.1134	0.7792	-0.0069	0.0485	-0.0403	-0.029	-0.0658	0.0124	0.0287	-0.0334	0.0727	-0.0318	-0.0067	0.0431	0.0026	0.0108	-0.112	9.527	23.668	79.48

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 147

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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