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- PDB-2o12: Mycobacterium tuberculosis Chorismate synthase in complex with FMN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o12
タイトルMycobacterium tuberculosis Chorismate synthase in complex with FMN
要素Chorismate synthase
キーワードLYASE / Shikimate pathway / M. tuberculosis / Chorismate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate synthase / chorismate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NAD binding / FMN binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chorismate synthase signature 3. / Chorismate synthase, AroC fold / Chorismate synthase AroC / Chorismate synthase signature 2. / Chorismate synthase / Chorismate synthase, conserved site / Chorismate synthase AroC superfamily / Chorismate synthase / Chorismate synthase signature 1. / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chorismate synthase / Chorismate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Bruning, M. / Bartunik, H.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Complexes of Chorismate synthase from M. tuberculosis
著者: Bruning, M. / Bourenkov, G.P. / Strizhov, N.I. / Bartunik, H.D.
履歴
登録2006年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4128
ポリマ－42,6731
非ポリマー7397
水9,206511
1
A: Chorismate synthase
ヘテロ分子

A: Chorismate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,82416
ポリマ－85,3472
非ポリマー1,47714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
Buried area12120 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area28630 Å2
手法PISA
2
A: Chorismate synthase
ヘテロ分子

A: Chorismate synthase
ヘテロ分子

A: Chorismate synthase
ヘテロ分子

A: Chorismate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,64732
ポリマ－170,6934
非ポリマー2,95428
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area34870 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area46620 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)133.445, 133.445, 158.619
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-843-

HOH

21A-882-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Chorismate synthase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase


分子量: 42673.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: aroF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: P63611, UniProt: P9WPY1*PLUS, chorismate synthase
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 4.8 M NH4-Acetate, 0.1 M Na-Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月3日 / 詳細: Au-coated planar; toroidal mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→20 Å / Num. all: 88402 / Num. obs: 88273 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.72→1.74 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.932 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3488 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.72→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.401 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18783 4415 5 %RANDOM
Rwork0.1645 ---
obs0.1657 83603 99.63 %-
all-83913 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.079 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2829 0 49 511 3389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213088
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3171.9814225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88436748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3065426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.41121.866134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.5615490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7781542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.23083
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21929
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.120.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2440.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.08281998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9198820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.433123195
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.02161141
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.393241014
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.764 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 313 -
Rwork0.271 6079 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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