PDB-2nzo: Crystal structure of a secretion chaperone CsaA from Bacillus sub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nzo

タイトル

Crystal structure of a secretion chaperone CsaA from Bacillus subtilis in the space group P 32 2 1

要素

Protein csaA

キーワード

CHAPERONE / Beta barrel / oligonucleotide/oligosaccharide binding fold / OB fold / homodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

methionyl glutamyl tRNA synthetase complex / tyrosine-tRNA ligase activity / protein transport / tRNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Shapova, Y.A. / Paetzel, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Crystallographic analysis of Bacillus subtilis CsaA.
著者: Shapova, Y.A. / Paetzel, M.

履歴

登録	2006年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nzo.cif.gz	101 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nzo.ent.gz	79.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nzo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nzo_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nzo_full_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示
XML形式データ	2nzo_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	2nzo_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nzo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nzhC 1gd7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2nzh-d 4a3x-d 5wpl-2 1o08-d 1fua-d 4cov-d 5f9p-1 3zi4-d 2y3x-2 2ypc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein csaA

B: Protein csaA

C: Protein csaA

D: Protein csaA

ヘテロ分子

49.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein csaA

B: Protein csaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Protein csaA

D: Protein csaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.432, 148.432, 54.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-313- HOH

#1: タンパク質	Protein csaA / Secretion chaperone CsaA 分子量: 12203.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: csaA, BSU19040 / プラスミド: BsCsaA/pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37584
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.05 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Potassium dihydrogen phosphate, 12% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 102 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月10日 / 詳細: VariMax Cu HF
放射	モノクロメーター: nickel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→28.05 Å / Num. all: 47258 / Num. obs: 45675 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.58 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 20.4 / Scaling rejects: 1583
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.25 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. measured all: 18968 / Num. unique all: 4438 / Χ²: 1.13 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	8.0SSI	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ収集
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ削減
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1GD7

1gd7

解像度: 2→28.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 6.904 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	2311	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
all	0.192	45674	-	-
obs	0.192	45674	98.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.691 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7 Å²	0.35 Å²	0 Å²
2-	-	0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3306	0	36	282	3624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	3390
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.777	2.005	4584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.969	5	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.857	25.161	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.635	15	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.347	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.286	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.19	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.225	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.783	1.5	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.254	2	3551
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.409	3	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.968	4.5	1033

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	171	-
R_work	0.254	3136	-
obs	-	3307	97.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1017	2.2199	2.2936	4.207	2.0842	4.0486	-0.1908	0.3499	-0.0828	-0.1912	0.0974	0.2554	-0.1734	-0.2417	0.0934	0.0955	0.0268	0.0071	0.0597	0.0018	0.051	-79.5273	19.2771	20.886
2	1.1442	0.0339	0.1269	0.7676	-0.9828	3.6076	-0.0192	0.0114	0.0865	0.1708	0.0151	0.0389	-0.3134	-0.0664	0.0041	0.16	0.0151	-0.0202	0.0216	-0.0054	0.0411	-71.3977	21.3144	38.8773
3	4.2006	-0.7425	-0.8068	1.8971	-0.1857	1.1771	-0.1811	-0.1182	-0.1205	0.2648	0.0421	-0.0641	-0.2379	-0.1162	0.139	0.1597	0.0317	-0.0133	-0.0017	0.0049	0.0263	-76.2801	22.6436	31.8557
4	1.2784	-0.5548	0.0232	1.2197	0.3339	1.7742	-0.0571	-0.034	0.0467	0.0885	0.0595	0.0612	-0.1019	-0.0101	-0.0024	0.1411	-0.0063	-0.0086	0.0329	0.0065	0.0662	-71.8034	18.9868	29.7197
5	3.3522	-0.9794	-1.0771	1.4996	0.4941	1.9227	-0.1085	-0.0578	-0.0991	0.0662	0.0253	0.2205	-0.059	-0.2292	0.0832	0.0964	0.0093	-0.016	0.0712	-0.0089	0.0535	-77.1625	11.2749	20.7865
6	0.5208	0.0346	-0.0226	3.2536	-0.3819	1.41	-0.0251	0.0888	0.0807	-0.1746	-0.0521	-0.1044	-0.1087	0.1128	0.0772	0.084	-0.0192	-0.006	0.0639	0.0051	0.0418	-65.4332	12.7162	7.5503
7	7.774	1.4433	1.8204	1.4943	0.7041	2.8179	0	0.3041	0.1803	-0.0427	-0.0747	-0.0137	-0.0439	-0.0339	0.0747	0.1365	0.0118	0.0114	0.0712	0.012	0.0652	-71.0133	9.9576	13.9753
8	0.276	-0.0996	0.1505	0.8559	0.0235	1.7896	-0.0079	0.0505	0.0425	0.0241	0.0167	-0.0121	-0.1035	0.0304	-0.0088	0.0826	-0.0056	0.0079	0.0608	0.0042	0.0448	-69.3968	13.9196	15.2901
9	6.549	3.3359	-0.6923	4.6003	-0.9097	3.9856	-0.6209	-0.1831	-0.8023	-0.2498	-0.045	-1.0011	0.3027	0.6215	0.6658	-0.1091	0.1712	0.074	-0.0496	0.2223	0.2769	-39.9012	15.3801	30.4268
10	4.4137	-0.0818	-1.4049	3.1884	-0.4034	2.7538	-0.0845	-0.4043	-0.7723	0.008	-0.3075	-0.5702	0.2293	0.3525	0.3919	0.0046	0.0336	0.0676	-0.0452	0.2287	0.203	-48.0803	10.5982	35.523
11	49.5116	-10.4709	25.3473	2.2144	-5.3605	12.9764	-0.5441	-2.2805	-2.7877	0.3787	1.5786	-2.0373	-2.4827	2.0882	-1.0346	0.4252	-0.0005	0.0005	0.4398	-0.011	0.4321	-36.5749	10.2844	43.008
12	3.4409	1.2734	-1.2508	2.5658	-0.4557	2.8967	-0.3354	-0.4117	-0.7539	0.0196	-0.2614	-0.3986	0.3139	0.372	0.5968	0.0217	0.0195	0.1092	-0.0196	0.1756	0.1777	-46.5302	16.4373	30.5047
13	5.6703	-0.2987	-0.7797	3.0112	-1.134	3.5047	-0.298	-0.0619	-0.4855	-0.1781	-0.0579	-0.4774	0.0384	0.4922	0.3559	0.0234	-0.0969	0.0566	0.0098	0.0718	0.2496	-40.729	27.1175	21.5934
14	2.8422	1.9019	-0.277	3.7026	0.439	4.113	-0.2297	0.295	-0.1773	-0.2163	0.1301	-0.3688	-0.1334	0.0442	0.0996	0.0289	-0.0752	0.0165	0.0332	0.0244	0.116	-47.3037	30.0859	15.9542
15	5.1115	0.4743	-0.7779	2.2653	-0.2826	2.7236	-0.2832	0.4781	-0.1759	-0.1354	0.0069	-0.1504	-0.2432	0.2645	0.2763	0.0266	-0.096	0.0107	0.021	0.0568	0.0975	-44.9684	30.3412	18.4764
16	2.4876	1.0742	-1.4502	2.5233	-0.6601	3.021	-0.2235	0.0897	-0.3771	-0.0198	0.0063	-0.3841	0.0595	0.1124	0.2172	0.0382	-0.0438	0.038	0.028	0.0352	0.1478	-45.9793	25.0724	21.6247

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	0 - 18	3 - 21
2	2	A	A	19 - 59	22 - 62
3	3	A	A	60 - 74	63 - 77
4	4	A	A	75 - 110	78 - 113
5	5	B	B	0 - 20	3 - 23
6	6	B	B	21 - 59	24 - 62
7	7	B	B	60 - 73	63 - 76
8	8	B	B	74 - 110	77 - 113
9	9	C	C	1 - 23	4 - 26
10	10	C	C	29 - 69	32 - 72
11	11	C	C	70 - 78	73 - 81
12	12	C	C	79 - 110	82 - 113
13	13	D	D	0 - 28	3 - 31
14	14	D	D	29 - 55	32 - 58
15	15	D	D	56 - 75	59 - 78
16	16	D	D	76 - 110	79 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)