PDB-2nyy: Crystal structure of botulinum neurotoxin type A complexed with m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nyy

タイトル

Crystal structure of botulinum neurotoxin type A complexed with monoclonal antibody CR1

要素

(CR1 monoclonal antibody) x 2
Botulinum neurotoxin type A

キーワード

TOXIN/IMMUNE SYSTEM / BOTULINUM / NEUROTOXIN / FAB / PROTEIN ANTIBODY COMPLEX / TOXIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / membrane => GO:0016020 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Stevens, R.C. / Arndt, J.W.

引用

ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2007
タイトル: Molecular evolution of antibody cross-reactivity for two subtypes of type A botulinum neurotoxin.
著者: Garcia-Rodriguez, C. / Levy, R. / Arndt, J.W. / Forsyth, C.M. / Razai, A. / Lou, J. / Geren, I. / Stevens, R.C. / Marks, J.D.

履歴

登録	2006年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2016年2月17日	Group: Derived calculations
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE There is no aminoacid sequence database reference available for the CR1 monoclonal ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nyy.cif.gz	347.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nyy.ent.gz	276.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nyy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2nyy_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nyy_full_validation.pdf.gz	501 KB	表示
XML形式データ	2nyy_validation.xml.gz	59.6 KB	表示
CIF形式データ	2nyy_validation.cif.gz	81.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/2nyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/2nyy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2nz9C 3btaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2nz9-2 4qfg-2 3a8i-d 6e4w-2 2nz9-1 3d2f-d 21806 2vlr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Botulinum neurotoxin type A

C: CR1 monoclonal antibody

D: CR1 monoclonal antibody

ヘテロ分子

198 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.046, 148.249, 196.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin type A 分子量: 149479.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / 株: Type A1 (HALL STRAIN) / 参照: UniProt: P10845, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin
#2: 抗体	CR1 monoclonal antibody 分子量: 23896.471 Da / 分子数: 1 / Fragment: light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO DG44 CELLS 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体	CR1 monoclonal antibody 分子量: 24053.721 Da / 分子数: 1 / Fragment: heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO DG44 CELLS 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.94 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 8% PEG 20000, 8% PEG 550 MME, 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月1日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, PARALELL (SI 111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 87498 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.095
反射シェル	解像度: 2.61→2.68 Å / R_merge(I) obs: 0.388 / % possible all: 44.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BTA

3bta

解像度: 2.61→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 28.209 / SU ML: 0.256 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.461 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	3912	5 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.208	74507	89.4 %	-
all	-	87498	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13505	0	2	0	13507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	13807
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9244
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.5	1.95	18717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.908	3.001	22545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.264	5	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.123	24.962	661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.83	15	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.494	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	15424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2812
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	3019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	9500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.2	6822
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	7686
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.027	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.134	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.22	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.224	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.206	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.537	1.5	8626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.078	1.5	3436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.907	2	13654
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.209	3	5924
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.968	4.5	5063
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.61→2.68 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	143	-
R_work	0.389	2733	-
obs	-	-	44.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8415	1.3061	-3.3725	0.4845	-1.3408	3.7552	-0.1145	0.0482	-0.3401	0.3123	-0.3568	0.1216	0.4488	-0.1375	0.4712	0.2106	-0.1345	0.242	-0.1701	-0.1399	0.006	-62.8574	-44.7157	57.8033
2	8.1381	-8.5304	-1.8561	44.7733	23.6909	14.2188	-0.7019	-0.578	0.419	1.3243	0.1744	-0.3409	0.3086	-1.0589	0.5275	-0.0162	-0.0569	0.1407	-0.0819	-0.1817	-0.0652	-84.2427	-26.9465	91.682
3	7.6265	-0.2318	-9.3194	27.7135	6.6917	12.8702	-0.1525	-0.2064	-0.8477	0.8019	0.0116	0.287	-0.6633	-0.092	0.1409	-0.0063	0.0024	0.1555	-0.0766	-0.2567	-0.0893	-79.2179	-45.942	80.0905
4	2.6848	-1.0963	-2.4851	11.6437	3.5317	5.0769	0.0987	-0.2146	-0.1408	-0.1404	-0.085	0.7909	-0.2962	-0.4425	-0.0137	-0.1346	-0.1525	0.1868	0.0693	-0.207	-0.0373	-88.0001	-38.0836	83.1678
5	4.0705	-0.4104	-2.8569	3.2579	1.2792	5.6574	0.2255	0.0048	0.3253	0.6841	-0.1756	0.1816	-0.3182	0.2254	-0.0499	0.0557	-0.0916	0.1426	-0.2295	0.0115	-0.0531	-54.2048	-22.4455	58.627
6	44.6618	-16.803	3.0974	15.0196	-3.6804	0.9421	0.9023	2.6209	-0.2302	-0.4988	-0.779	0.2232	-0.7008	0.2509	-0.1234	0.1662	-0.0531	0.2497	0.0833	-0.0678	0.0632	-59.7603	-15.3365	59.0147
7	10.479	-4.5367	-6.5763	6.5006	4.7881	7.6524	-0.1278	-0.3258	0.4086	0.9367	0.0363	0.1479	0.5771	0.3643	0.0915	-0.0172	-0.1383	0.1066	-0.174	0.0026	-0.082	-54.5023	-30.8471	58.8154
8	1.9039	-1.195	-0.5192	6.5994	0.2487	6.4268	0.3638	-0.3571	0.3649	0.7683	0.3899	0.7933	-0.3277	-0.1219	-0.7537	-0.1071	-0.106	0.0922	-0.0061	-0.352	0.0806	-73.6265	-28.8073	84.8943
9	4.4798	-1.1356	-0.6831	6.7836	-2.2868	5.5064	0.0288	-0.5205	0.1377	0.3177	0.3266	-0.4331	-0.2205	0.3247	-0.3554	0.015	-0.1502	0.23	-0.16	-0.4063	-0.0665	-70.4296	-30.0847	86.8133
10	9.7397	-0.2367	1.1373	5.5732	-0.0375	5.6289	0.0372	0.4127	0.1756	-0.2995	-0.0978	-0.4483	-0.0511	0.5039	0.0606	-0.2691	-0.0649	0.0442	0.0164	0.2372	-0.1563	41.7694	-8.3343	9.1067
11	5.4862	2.2951	-0.6731	4.3596	-3.3269	6.1495	-0.0152	-0.549	0.8402	0.2437	-0.3296	0.0205	-0.3976	0.3127	0.3447	-0.3347	-0.0219	-0.0374	-0.0015	0.0779	-0.1071	37.4766	-16.8207	27.8546
12	3.8898	0.0994	-0.2231	2.8171	-0.1687	1.7674	-0.001	0.4136	0.5004	-0.3633	-0.0438	-0.2535	-0.4573	0.3013	0.0448	-0.1211	-0.0127	0.006	-0.0683	0.2159	-0.232	32.7679	-3.1882	9.2113
13	7.1968	-10.1843	14.3023	22.002	-19.5222	28.491	0.6655	-0.8614	1.3525	0.9987	0.4431	0.9286	-0.2658	-0.6548	-1.1086	-0.3272	-0.0252	0.0851	-0.1435	0.0924	-0.0413	31.8111	-16.0801	24.8093
14	3.037	-1.0135	-0.1023	2.6256	-0.3802	1.8502	0.1104	-0.1815	-0.1182	0.2476	-0.0615	0.1144	-0.2107	-0.0555	-0.0489	-0.2807	-0.0374	-0.0069	-0.088	0.0918	-0.2329	21.6363	-12.1067	20.1081
15	2.8467	0.9128	-1.4769	2.9977	-2.058	2.6263	0.1875	-0.2735	0.1305	0.275	-0.2985	-0.0639	-0.6154	-0.0479	0.111	-0.1003	0.0377	-0.0172	-0.0626	0.0768	-0.0734	13.9563	-0.2895	21.9239
16	1.6089	0.6551	-0.5046	9.2861	-1.6091	1.3953	0.0522	0.6215	0.1879	-0.6002	0.0521	0.3438	-0.4308	-0.336	-0.1043	0.0291	0.0864	-0.0391	-0.0313	0.1811	-0.2228	15.7948	2.9075	6.7631
17	3.4864	-0.4355	-1.4995	1.4781	-0.842	7.6496	0.0874	0.022	-0.5533	-0.1989	0.0988	0.2404	0.2926	-0.246	-0.1862	-0.3082	-0.0363	-0.0183	-0.1972	0.1131	-0.0075	22.3611	-28.8237	20.9991
18	7.2287	-5.9644	5.2609	17.441	-9.1618	8.0852	-0.1423	-0.4574	-0.6113	0.3041	0.0483	0.5037	-0.364	-0.0215	0.094	-0.416	-0.0398	0.0413	0.0516	0.1812	-0.0387	11.5867	-20.5783	39.516
19	11.4704	-8.8677	8.9464	7.8824	-8.4163	10.9245	0.4575	0.5997	0.2833	-0.3011	-0.3435	-0.4639	-0.3871	0.7959	-0.114	0.0473	0.0017	0.2035	-0.0362	0.0345	0.1636	-7.5279	5.4373	21.1125
20	16.2697	-1.0038	-4.2227	11.4969	-1.9423	16.2269	0.2328	0.4708	0.0861	-0.3699	0.0191	0.339	-0.9465	-1.0625	-0.2519	-0.2112	0.0091	-0.162	-0.1006	-0.0059	-0.1116	10.1408	-8.7629	1.5652
21	3.3479	-1.7249	-0.3643	6.4664	-2.1595	8.9735	0.1458	0.1463	0.6954	-0.0995	-0.303	-0.1097	-0.0862	-0.7012	0.1572	-0.1302	-0.1951	0.0203	-0.056	-0.0008	0.0521	34.3511	3.2689	15.5869
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28	10.2389	-4.4574	-3.8236	4.5076	3.0031	7.0371	0.3343	-0.4406	0.2927	0.1098	-0.1282	-0.1329	-0.0055	0.5153	-0.206	-0.2911	-0.0406	-0.0332	-0.0901	0.1613	-0.1495	-35.3053	-31.3905	41.5066
29	4.8729	1.0747	-0.9528	1.3148	-0.0566	1.0482	0.0763	0.1573	0.4687	0.2321	-0.0853	0.1478	-0.2355	-0.0175	0.009	-0.3412	0.0171	-0.0112	-0.0854	0.129	-0.1555	-37.0691	-22.7292	31.6815
30	8.4069	5.7884	0.2328	7.9816	-2.4466	2.6707	-0.1027	-0.2851	1.0354	0.1653	-0.2828	0.2268	-0.8017	-0.1212	0.3855	-0.256	0.0187	0.0076	-0.0555	0.1218	-0.0758	-41.0983	-17.4976	30.5817
31	3.8134	1.3519	0.1184	2.7969	-2.749	3.8398	-0.193	0.4685	0.6982	0.1498	0.1492	0.1452	-0.3307	0.1161	0.0438	-0.2579	0.0244	0.0004	-0.0289	0.1375	-0.1805	-40.919	-22.5668	21.7623
32	1.3234	0.14	-0.1013	3.0415	-0.0431	1.2742	-0.0949	0.1947	-0.066	0.0039	0.0142	-0.0866	0.3671	0.0902	0.0807	-0.2293	-0.0046	0.0375	-0.0363	0.0908	-0.2743	-39.8062	-44.1915	27.109
33	4.2098	0.5888	-0.603	6.85	1.6633	6.3844	0.1608	0.2773	-0.2529	-0.0134	-0.0128	-0.2987	0.866	0.2249	-0.148	-0.1153	0.1219	0.0688	-0.167	0.1121	-0.1595	-32.8475	-62.4162	21.3251
34	1.0067	-2.7708	-1.1986	7.7254	2.0559	17.0422	0.2216	0.6749	0.2112	-0.5537	0.1389	-0.3006	-0.3732	0.5905	-0.3604	-0.1668	-0.0202	0.1179	0.0147	0.03	-0.2063	-34.6349	-55.7375	9.574
35	17.7215	-6.5104	0.5747	15.2474	3.1934	3.9106	-0.0396	-0.4965	0.1095	0.3529	-0.0841	0.2894	0.6936	-0.4287	0.1237	-0.236	-0.0446	0.0628	-0.1878	0.1556	-0.3761	-45.6414	-47.5397	32.4167

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	B	1 - 120	1 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	B	121 - 137	121 - 137
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	B	138 - 145	138 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	B	146 - 216	146 - 216
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	C	2 - 78	2 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	C	79 - 87	79 - 87
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	C	88 - 109	88 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	C	110 - 145	110 - 145
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	C	146 - 218	146 - 218
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	2 - 44	1 - 43
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	45 - 82	44 - 81
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	83 - 153	82 - 152
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	154 - 163	153 - 162
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	164 - 243	163 - 242
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	244 - 308	243 - 307
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	309 - 357	308 - 356
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	358 - 431	357 - 430
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	453 - 469	452 - 468
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	470 - 488	469 - 487
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	493 - 507	492 - 506
21	X-RAY DIFFRACTION	21	A	A	508 - 533	507 - 532
22	X-RAY DIFFRACTION	22	A	A	534 - 556	533 - 555
23	X-RAY DIFFRACTION	23	A	A	557 - 621	556 - 620
24	X-RAY DIFFRACTION	24	A	A	627 - 688	626 - 687
25	X-RAY DIFFRACTION	25	A	A	689 - 872	688 - 871
26	X-RAY DIFFRACTION	26	A	A	873 - 890	872 - 889
27	X-RAY DIFFRACTION	27	A	A	891 - 908	890 - 907
28	X-RAY DIFFRACTION	28	A	A	909 - 923	908 - 922
29	X-RAY DIFFRACTION	29	A	A	924 - 962	923 - 961
30	X-RAY DIFFRACTION	30	A	A	963 - 989	962 - 988
31	X-RAY DIFFRACTION	31	A	A	990 - 1050	989 - 1049
32	X-RAY DIFFRACTION	32	A	A	1051 - 1165	1050 - 1164
33	X-RAY DIFFRACTION	33	A	A	1166 - 1259	1165 - 1258
34	X-RAY DIFFRACTION	34	A	A	1260 - 1281	1259 - 1280
35	X-RAY DIFFRACTION	35	A	A	1282 - 1294	1281 - 1293

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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