PDB-2ny8: NMR structure of antibacterial defensin DEF-AAA from the insect a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ny8

タイトル

NMR structure of antibacterial defensin DEF-AAA from the insect anopheles gambiae

要素

defensin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / insect defensin / CSab motif / antibacterial

機能・相同性

機能・相同性情報

humoral immune response / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)

手法

溶液NMR / simulated annealing with torsion angle space (ARIA, CNS)

データ登録者

Landon, C. / Barbault, F. / Vovelle, F.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Rational design of peptides active against the gram positive bacteria Staphylococcus aureus
著者: Landon, C. / Barbault, F. / Legrain, M. / Guenneugues, M. / Vovelle, F.

履歴

登録	2006年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ny8.cif.gz	116.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ny8.ent.gz	94.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ny8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ny8_validation.pdf.gz	341.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ny8_full_validation.pdf.gz	399.1 KB	表示
XML形式データ	2ny8_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	2ny8_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/2ny8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/2ny8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e3eC 2e3fC 2e3gC 2ny9C 2nz3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w0t-d 1plp-d 1bf9-d 2mrz-d 2ny9-d 2nb2-d 2d55-d 1a3p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

X: defensin

4.15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy and the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest restraint energy

#1: タンパク質・ペプチド	defensin / def-AAA 分子量: 4147.796 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 63-102 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) 遺伝子: DEF1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q17027

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	2D NOESY
2	4	1	DQF-COSY
2	5	1	2D TOCSY
2	6	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細

内容: 2mM anopheles defensin; 40mM sodium acetate buffer / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	40mM sodium acetate buffer	4.9	ambient	293 K
2	440mM sodium acetate buffer	4.9	ambient	303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2.2	Delaglio	解析
NMRView	5	Johnson	データ解析
ARIA	1.1	Linge & Nilges	構造決定
CNS	1.1	brunger	構造決定
CNS	1.1	brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing with torsion angle space (ARIA, CNS)
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 627 NOE-derived distance constraints

代表構造

選択基準: lowest restraint energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy and the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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