PDB-2nxv: Structure of the 6th ORF of the Rhodobacter blastica ATPase opero...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nxv

タイトル

Structure of the 6th ORF of the Rhodobacter blastica ATPase operon; Majastridin

要素

ATP synthase subunits region ORF 6

キーワード

TRANSFERASE / majastridin / ATPase operon / glycosyl transferase / Rossmann fold / sulphur SAD

機能・相同性

Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / ATP synthase subunits region ORF 6

機能・相同性情報

生物種

Rhodobacter blasticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SAD based on native sulphurs / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Enroth, C. / Strid, A.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a protein, structurally related to glycosyltransferases, encoded in the Rhodobacter blasticus atp operon.
著者: Enroth, C. / Strid, A.

履歴

登録	2006年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nxv.cif.gz	246.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nxv.ent.gz	199.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nxv_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nxv_full_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示
XML形式データ	2nxv_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	2nxv_validation.cif.gz	46.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qgiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qgi-d 3k6j-d 6gnf-1 1bdg-d 5o63-d 2ex0-2 1nut-d 3byt-3 1nup-d 6lna-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP synthase subunits region ORF 6

B: ATP synthase subunits region ORF 6

ヘテロ分子

57.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: ATP synthase subunits region ORF 6

B: ATP synthase subunits region ORF 6

ヘテロ分子

A: ATP synthase subunits region ORF 6

B: ATP synthase subunits region ORF 6

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.873, 90.311, 69.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1228- HOH
2	1	B-1213- HOH
3	1	B-1620- HOH

#1: タンパク質	ATP synthase subunits region ORF 6 分子量: 28851.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter blasticus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05449
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 833 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.92 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.1→72.56 Å / Num. obs: 295175 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.05 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.355 / % possible all: 71.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法: SAD based on native sulphurs / 解像度: 1.1→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 0.657 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15544	14868	5 %	RANDOM
R_work	0.13718	-	-	-
obs	0.13809	280096	95.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.488 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4041	0	12	833	4886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	4264
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.638	1.938	5799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.531	5	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.693	22.627	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.125	15	682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.814	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	591
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.135	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.394	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.949	1.5	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.659	2	4050
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.766	3	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.271	4.5	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.804	3	4376
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	7.129	3	927
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.527	3	4054

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.128 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	754	-
R_work	0.329	13521	-
obs	-	-	63.02 %

精密化 TLS

T33: -0.0035 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0261	-0.0075	-0.0173	0.0147	0.002	0.035	0.0003	-0.0033	-0.0013	0.0007	-0.0011	0.0016	-0.0015	-0.0007	0.0008	-0.0066	0	0.0004	0.0042	-0.0002	36.391	-1.8	80.774
2	0.0344	-0.0101	0.0155	0.0099	0.0039	0.039	0.0024	0.0034	0.0007	-0.001	-0.0034	0.0006	-0.0007	-0.0009	0.001	-0.0063	0.0005	-0.0002	0.0037	-0.0001	36.83	5.335	53.145

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 249	1 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C	1201	1
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 249	1 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	D	1202	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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