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万見
- PDB-2nxi: Structural and mechanistic changes along an engineered path from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nxi
タイトルStructural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo KDO8P synthase.
要素2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
キーワードTRANSFERASE / KDO / KDO8P / KDO8PS / PEP / A5P
機能・相同性
機能・相同性情報


monosaccharide biosynthetic process / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOENOLPYRUVATE / PHOSPHATE ION / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kona, F. / Xu, X. / Martin, P. / Kuzmic, P. / Gatti, D.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to nonmetallo 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthases
著者: Kona, F. / Xu, X. / Martin, P. / Kuzmic, P. / Gatti, D.L.
履歴
登録2006年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
C: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
D: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
E: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
F: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
G: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
H: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
I: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
J: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
K: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
L: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,87536
ポリマ－352,35412
非ポリマー3,52224
水21,2221178
1
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
C: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
D: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,65012
ポリマ－117,4514
非ポリマー1,1988
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16180 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area33150 Å2
手法PISA
2
E: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
F: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
G: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
H: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,65012
ポリマ－117,4514
非ポリマー1,1988
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15920 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area33520 Å2
手法PISA
3
I: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
J: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
K: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
L: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,57612
ポリマ－117,4514
非ポリマー1,1258
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15900 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area33780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.883, 197.465, 124.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / Phospho-2- dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate ...Phospho-2- dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate synthetase / KDO-8-phosphate synthetase / KDO 8-P synthase / KDOPS


分子量: 29362.830 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: kdsA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O66496, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 161988 / Num. obs: 123597 / % possible obs: 76.3 % / Observed criterion σ(F): 4.4 / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 3.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 8.3

-
解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1FWN

1fwn


解像度: 2.3→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 653648.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 6233 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 123597 76.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.4769 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.08 Å20 Å2-8.65 Å2
2--13.15 Å20 Å2
3---7.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24378 0 205 1178 25761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.852.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 344 4.8 %
Rwork0.3 6898 -
obs--26.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4pep_a5p_mod5.parapep_a5p.toph

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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