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- PDB-1zji: Aquifex aeolicus KDO8PS R106G mutant in complex with 2PGA and R5P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zji
タイトルAquifex aeolicus KDO8PS R106G mutant in complex with 2PGA and R5P
要素2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
キーワードTRANSFERASE / KDO8PS / KDSA / catalysis / loops
機能・相同性
機能・相同性情報


monosaccharide biosynthetic process / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHOSPHOGLYCERIC ACID / : / PHOSPHATE ION / RIBOSE-5-PHOSPHATE / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Xu, X. / Kona, F. / Wang, J. / Lu, J. / Stemmler, T. / Gatti, D.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: The Catalytic and Conformational Cycle of Aquifex aeolicus KDO8P Synthase: Role of the L7 Loop
著者: Xu, X. / Kona, F. / Wang, J. / Lu, J. / Stemmler, T. / Gatti, D.L.
履歴
登録2005年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2718
ポリマ－59,3492
非ポリマー9226
水2,000111
1
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,54116
ポリマ－118,6974
非ポリマー1,84412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area16080 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area33910 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.741, 84.741, 160.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The asymmetric unit contains a dimer. The biological unit is a tetramer which can be obtained from the dimer by application of the symmetry operation: x=y,y=x,z=-z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate ...Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase / KDO-8-phosphate synthetase / KDO 8-P synthase / KDOPS


分子量: 29674.266 Da / 分子数: 2 / 変異: R106G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: kdsA / プラスミド: p28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O66496, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 糖 ChemComp-R5P / RIBOSE-5-PHOSPHATE / D-リボ-ス5-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P

-
非ポリマー , 4種, 116分子

#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-2PG / 2-PHOSPHOGLYCERIC ACID


分子量: 186.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.748 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.78
詳細: PEG 4K, Na-acetate, pH 4.78, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: confocal mirrors
放射モノクロメーター: confocal mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. all: 35633 / Num. obs: 35633 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 17.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1ZHA

1zha


解像度: 2.25→30.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 930645.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2979 9.9 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 29952 92.4 %-
all-29952 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.7105 Å2 / ksol: 0.303488 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.47 Å29.52 Å20 Å2
2--9.47 Å20 Å2
3----18.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→30.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4029 0 43 111 4183
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.072.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 380 9.5 %
Rwork0.352 3625 -
obs--75.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION32pg_r5p.param2pg_r5p.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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