PDB-2nxf: Crystal Structure of a dimetal phosphatase from Danio rerio LOC 393393

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nxf

タイトル

Crystal Structure of a dimetal phosphatase from Danio rerio LOC 393393

要素

Putative dimetal phosphatase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / dinuclear metal center phosphatase / metalloprotein / metallophosphoesterase / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

CDP-glycerol diphosphatase / Mn2+-dependent ADP-ribose/CDP-alcohol diphosphatase / CDP-glycerol diphosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase activity / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / McCoy, J.G. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a dimetal phosphatase from Danio rerio LOC 393393
著者: Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / McCoy, J.G. / Bingman, C.A.

履歴

登録	2006年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nxf.cif.gz	88.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nxf.ent.gz	64.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nxf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nxf_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nxf_full_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示
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CIF形式データ	2nxf_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1rjg-d 4i8y-d 2jcl-1 3cjy-d 2j5m-d 1mlw-d 5o3p-d 4i5v-1 4d1g-1 1knd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.70653

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3) #13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (3)
#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative dimetal phosphatase

ヘテロ分子

37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.584, 86.593, 157.315
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

The biological unit is a monomer

#1: タンパク質	Putative dimetal phosphatase 分子量: 36789.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: Dr.12833, LOC 393393 / プラスミド: PVP 16K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q7T291
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein Solution (10 MG/ML protein, 0.050 M sodium chloride, 0.0031 M sodium azide, 0.0003 M TCEP, 0.005 M BisTris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (10.4% PEG 4K, 0.40 M ...詳細: Protein Solution (10 MG/ML protein, 0.050 M sodium chloride, 0.0031 M sodium azide, 0.0003 M TCEP, 0.005 M BisTris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (10.4% PEG 4K, 0.40 M sodium chloride, 0.10 M HEPES pH 7.5) Cryoprotected with: 15% PEG 8K, 0.30 M ammonium thiocyanate, 0.010 M sodium dihydrogen phosphate, 0.0005 M zinc sulfate, 0.10 M HEPPS pH 8.5 supplemented with up to 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.4 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein Solution (10 MG/ML protein, 0.050 M sodium chloride, 0.0031 M sodium azide, 0.0003 M TCEP, 0.005 M BisTris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (10.4% PEG 4K, 0.40 M ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97923, 0.96400

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月8日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97923	1
2	0.964	1

反射

解像度: 1.7→48.276 Å / Num. obs: 47311 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Χ²: 1.027 / Net I/σ(I): 14.348

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.7-1.74	8.2	0.431	3.077	3077	0.865	98.1
1.74-1.78	10.3	0.393		3144	0.849	99.8
1.78-1.83	12.3	0.352		3091	0.86	100
1.83-1.89	13.6	0.31		3121	0.935	100
1.89-1.95	14.4	0.248		3116	0.97	100
1.95-2.02	14.7	0.208		3125	1	100
2.02-2.1	14.8	0.169		3130	1.114	100
2.1-2.19	14.8	0.147		3129	1.107	100
2.19-2.31	14.9	0.125		3162	1.175	100
2.31-2.45	14.8	0.106		3141	1.142	100
2.45-2.64	14.6	0.089		3162	1.081	100
2.64-2.91	14.4	0.085		3158	1.067	100
2.91-3.33	14.3	0.081		3209	1.144	99.9
3.33-4.19	14.4	0.055		3195	0.926	99.9
4.19-80	13.9	0.051		3351	0.987	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set

最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 42.63 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	0	0	19812	2297
ISO_2	0.718	0.742	1.673	1.164	19804	2292
ANO_1	0.522	0	2.252	0	19806	0
ANO_2	0.702	0	1.232	0	19798	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	9.6-42.63	0	0	0	0	197	105
ISO_1	6.88-9.6	0	0	0	0	374	114
ISO_1	5.64-6.88	0	0	0	0	503	114
ISO_1	4.89-5.64	0	0	0	0	598	114
ISO_1	4.38-4.89	0	0	0	0	698	114
ISO_1	4-4.38	0	0	0	0	773	111
ISO_1	3.71-4	0	0	0	0	829	121
ISO_1	3.47-3.71	0	0	0	0	908	112
ISO_1	3.27-3.47	0	0	0	0	965	120
ISO_1	3.11-3.27	0	0	0	0	1026	110
ISO_1	2.96-3.11	0	0	0	0	1060	116
ISO_1	2.84-2.96	0	0	0	0	1151	118
ISO_1	2.73-2.84	0	0	0	0	1184	109
ISO_1	2.63-2.73	0	0	0	0	1234	119
ISO_1	2.54-2.63	0	0	0	0	1261	117
ISO_1	2.46-2.54	0	0	0	0	1326	112
ISO_1	2.39-2.46	0	0	0	0	1374	123
ISO_1	2.32-2.39	0	0	0	0	1394	114
ISO_1	2.26-2.32	0	0	0	0	1475	114
ISO_1	2.2-2.26	0	0	0	0	1482	120
ANO_1	9.6-42.63	0.467	0	2.44	0	196	0
ANO_1	6.88-9.6	0.421	0	2.841	0	374	0
ANO_1	5.64-6.88	0.358	0	3.366	0	503	0
ANO_1	4.89-5.64	0.399	0	3.073	0	598	0
ANO_1	4.38-4.89	0.53	0	2.317	0	698	0
ANO_1	4-4.38	0.559	0	2.208	0	773	0
ANO_1	3.71-4	0.524	0	2.212	0	829	0
ANO_1	3.47-3.71	0.552	0	2.172	0	908	0
ANO_1	3.27-3.47	0.504	0	2.4	0	965	0
ANO_1	3.11-3.27	0.506	0	2.375	0	1025	0
ANO_1	2.96-3.11	0.526	0	2.263	0	1058	0
ANO_1	2.84-2.96	0.493	0	2.536	0	1149	0
ANO_1	2.73-2.84	0.513	0	2.286	0	1184	0
ANO_1	2.63-2.73	0.522	0	2.255	0	1234	0
ANO_1	2.54-2.63	0.534	0	2.194	0	1261	0
ANO_1	2.46-2.54	0.561	0	2.041	0	1326	0
ANO_1	2.39-2.46	0.582	0	1.782	0	1374	0
ANO_1	2.32-2.39	0.602	0	1.786	0	1394	0
ANO_1	2.26-2.32	0.641	0	1.618	0	1475	0
ANO_1	2.2-2.26	0.689	0	1.491	0	1482	0
ISO_2	9.6-42.63	0.677	0.68	2.168	1.428	196	102
ISO_2	6.88-9.6	0.685	0.601	2.367	1.921	374	114
ISO_2	5.64-6.88	0.648	0.604	2.555	2.065	503	114
ISO_2	4.89-5.64	0.668	0.72	2.293	1.517	598	114
ISO_2	4.38-4.89	0.733	0.841	1.803	1.104	698	114
ISO_2	4-4.38	0.711	0.741	1.682	1.24	773	110
ISO_2	3.71-4	0.692	0.746	1.656	1.159	829	121
ISO_2	3.47-3.71	0.686	0.732	1.664	1.09	908	112
ISO_2	3.27-3.47	0.683	0.701	1.71	1.081	965	119
ISO_2	3.11-3.27	0.707	0.726	1.638	1.017	1026	110
ISO_2	2.96-3.11	0.711	0.703	1.674	1.148	1060	116
ISO_2	2.84-2.96	0.739	0.825	1.693	0.89	1149	118
ISO_2	2.73-2.84	0.734	0.805	1.65	0.956	1184	109
ISO_2	2.63-2.73	0.74	0.853	1.598	0.955	1233	119
ISO_2	2.54-2.63	0.733	0.805	1.574	0.865	1261	117
ISO_2	2.46-2.54	0.736	0.735	1.47	0.813	1324	112
ISO_2	2.39-2.46	0.744	0.826	1.356	0.832	1374	123
ISO_2	2.32-2.39	0.754	0.782	1.316	0.775	1394	114
ISO_2	2.26-2.32	0.758	0.737	1.22	0.69	1475	114
ISO_2	2.2-2.26	0.788	0.859	1.135	0.627	1480	120
ANO_2	9.6-42.63	0.616	0	1.483	0	196	0
ANO_2	6.88-9.6	0.541	0	1.737	0	374	0
ANO_2	5.64-6.88	0.465	0	2.249	0	503	0
ANO_2	4.89-5.64	0.538	0	1.864	0	598	0
ANO_2	4.38-4.89	0.666	0	1.424	0	698	0
ANO_2	4-4.38	0.69	0	1.337	0	773	0
ANO_2	3.71-4	0.667	0	1.296	0	829	0
ANO_2	3.47-3.71	0.684	0	1.36	0	908	0
ANO_2	3.27-3.47	0.663	0	1.323	0	965	0
ANO_2	3.11-3.27	0.705	0	1.254	0	1024	0
ANO_2	2.96-3.11	0.693	0	1.334	0	1059	0
ANO_2	2.84-2.96	0.685	0	1.299	0	1147	0
ANO_2	2.73-2.84	0.69	0	1.271	0	1183	0
ANO_2	2.63-2.73	0.719	0	1.14	0	1233	0
ANO_2	2.54-2.63	0.759	0	1.097	0	1261	0
ANO_2	2.46-2.54	0.768	0	1	0	1324	0
ANO_2	2.39-2.46	0.777	0	0.931	0	1374	0
ANO_2	2.32-2.39	0.824	0	0.86	0	1394	0
ANO_2	2.26-2.32	0.832	0	0.803	0	1475	0
ANO_2	2.2-2.26	0.881	0	0.706	0	1480	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	20.818	-20.244	-63.813	SE	19.52	1.1
2	19.564	-19.37	-57.214	SE	20.82	1.15
3	22.086	-12.205	-13.788	SE	29.2	1.2
4	26.488	-28.204	-10.743	SE	12.81	0.38

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 22109

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.03-100	45	0.903	504
6.32-8.03	37.9	0.947	506
5.5-6.32	38.1	0.952	512
4.97-5.5	40.2	0.95	514
4.59-4.97	40.2	0.965	538
4.28-4.59	42	0.967	571
4.03-4.28	42.5	0.961	607
3.82-4.03	44.5	0.954	631
3.63-3.82	46.3	0.956	684
3.48-3.63	43.9	0.962	689
3.34-3.48	46.3	0.955	715
3.21-3.34	45.9	0.942	785
3.1-3.21	45.1	0.95	777
3-3.1	45.7	0.942	818
2.91-3	44.2	0.938	829
2.83-2.91	50	0.927	856
2.75-2.83	48.5	0.931	894
2.68-2.75	48.4	0.924	891
2.62-2.68	49.1	0.923	941
2.56-2.62	50	0.922	944
2.5-2.56	51.6	0.917	979
2.45-2.5	53.3	0.907	992
2.4-2.45	51	0.916	1006
2.35-2.4	50.6	0.916	1021
2.31-2.35	54.7	0.912	1058
2.26-2.31	56.1	0.881	1083
2.2-2.26	58.9	0.84	1764

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→48.276 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / WR_factor R_free: 0.186 / WR_factor R_work: 0.164 / SU B: 2.878 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18	2369	5.013 %	RANDOM
R_work	0.161	-	-	-
obs	0.162	47258	99.728 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.996 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.338 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.711 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.048 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.276 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2524	0	12	354	2890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.241	1.931	3607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.089	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.837	23.172	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.915	15	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.009	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	387
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.195	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.71	1.5	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.156	2	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.026	3	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.138	4.5	1021

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.277	178	0.231	3205	3483	97.129
1.744-1.792	0.239	191	0.2	3189	3385	99.852
1.792-1.844	0.214	173	0.175	3141	3316	99.94
1.844-1.901	0.199	131	0.164	3028	3161	99.937
1.901-1.963	0.176	160	0.151	2929	3089	100
1.963-2.032	0.195	136	0.151	2833	2972	99.899
2.032-2.109	0.186	122	0.15	2791	2913	100
2.109-2.195	0.164	137	0.155	2629	2767	99.964
2.195-2.292	0.158	155	0.149	2542	2697	100
2.292-2.404	0.163	128	0.152	2449	2578	99.961
2.404-2.534	0.17	143	0.159	2289	2432	100
2.534-2.687	0.154	101	0.164	2211	2313	99.957
2.687-2.873	0.173	121	0.152	2069	2190	100
2.873-3.102	0.18	95	0.163	1944	2041	99.902
3.102-3.398	0.186	103	0.158	1767	1871	99.947
3.398-3.798	0.167	82	0.148	1638	1721	99.942
3.798-4.384	0.165	62	0.143	1459	1521	100
4.384-5.365	0.186	77	0.15	1230	1307	100
5.365-7.57	0.233	50	0.218	975	1025	100
7.57-48.276	0.133	24	0.19	571	605	98.347

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0926	-0.357	0.528	0.8713	0.1922	2.65	-0.0201	0.1233	-0.1338	-0.1113	0.015	0.084	0.2324	-0.06	0.0051	-0.1148	0.0073	-0.0031	-0.1757	-0.0016	-0.1356	26.0078	17.1146	9.4275
2	2.1784	-1.2103	0.3293	2.6716	-1.3235	3.1026	0.0608	-0.0988	0.1575	-0.0108	0.0512	0.1526	-0.2337	-0.186	-0.112	-0.1422	0.0331	-0.0008	-0.1492	-0.0285	-0.1347	23.115	33.1898	21.0867
3	0.9147	-0.0949	-0.3089	0.6755	0.2694	2.7127	0.0083	-0.0762	0.1133	0.0013	0.01	-0.1646	-0.0717	0.479	-0.0183	-0.1393	0.0196	-0.0078	-0.0862	0.0112	-0.1305	38.9925	25.8152	19.7243

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	3 - 114	3 - 114
2	2	115 - 207	115 - 207
3	3	208 - 322	208 - 322

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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