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万見
- PDB-2nx5: Crystal structure of ELS4 TCR bound to HLA-B*3501 presenting EBV ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nx5
タイトルCrystal structure of ELS4 TCR bound to HLA-B*3501 presenting EBV peptide EPLPQGQLTAY at 1.7A
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • EBV peptide, EPLPQGQLTAY
  • ELS4 TCR alpha chain
  • ELS4 TCR beta chain
  • HLA-B35
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR-pMHC / immune complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / release from viral latency / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / alpha-beta T cell receptor complex / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains ...symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / release from viral latency / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / alpha-beta T cell receptor complex / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / TAP binding / alpha-beta T cell activation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / : / : / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / defense response / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / protein dimerization activity / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / DNA-binding transcription factor activity / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation
類似検索 - 分子機能
Trans-activator protein BZLF1, human herpesvirus 4 / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like ...Trans-activator protein BZLF1, human herpesvirus 4 / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA-B35 / T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1 / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Lytic switch protein BZLF1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tynan, F.E. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2007
タイトル: A T cell receptor flattens a bulged antigenic peptide presented by a major histocompatibility complex class I molecule
著者: Tynan, F.E. / Reid, H.H. / Kjer-Nielsen, L. / Miles, J.J. / Wilce, M.C. / Kostenko, L. / Borg, N.A. / Williamson, N.A. / Beddoe, T. / Purcell, A.W. / Burrows, S.R. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2006年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA-B35
B: Beta-2-microglobulin
C: EBV peptide, EPLPQGQLTAY
D: ELS4 TCR alpha chain
E: ELS4 TCR beta chain
F: HLA-B35
G: Beta-2-microglobulin
H: EBV peptide, EPLPQGQLTAY
I: ELS4 TCR alpha chain
J: ELS4 TCR beta chain
K: HLA-B35
L: Beta-2-microglobulin
M: EBV peptide, EPLPQGQLTAY
N: ELS4 TCR alpha chain
P: ELS4 TCR beta chain
Q: HLA-B35
R: Beta-2-microglobulin
S: EBV peptide, EPLPQGQLTAY
T: ELS4 TCR alpha chain
U: ELS4 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)372,98020
ポリマ－372,98020
非ポリマー00
水3,495194
1
A: HLA-B35
B: Beta-2-microglobulin
C: EBV peptide, EPLPQGQLTAY
D: ELS4 TCR alpha chain
E: ELS4 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2455
ポリマ－93,2455
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA-B35
G: Beta-2-microglobulin
I: ELS4 TCR alpha chain
J: ELS4 TCR beta chain
M: EBV peptide, EPLPQGQLTAY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2455
ポリマ－93,2455
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
H: EBV peptide, EPLPQGQLTAY
K: HLA-B35
L: Beta-2-microglobulin
N: ELS4 TCR alpha chain
P: ELS4 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2455
ポリマ－93,2455
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
Q: HLA-B35
R: Beta-2-microglobulin
S: EBV peptide, EPLPQGQLTAY
T: ELS4 TCR alpha chain
U: ELS4 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2455
ポリマ－93,2455
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.479, 118.067, 131.465
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 16分子 AFKQBGLRDINTEJPU

#1: タンパク質
HLA-B35 / HLA-B*3501 heavy chain


分子量: 31940.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B-3501 / プラスミド: pET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O19626, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質
ELS4 TCR alpha chain / T-cell receptor / alpha chain


分子量: 20891.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#5: タンパク質
ELS4 TCR beta chain / T-cell receptor / beta chain


分子量: 27449.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01850*PLUS

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 198分子 CHMS

#3: タンパク質・ペプチド
EBV peptide, EPLPQGQLTAY


分子量: 1216.339 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is derived from the Epstein Barr virus BZLF1 protein.
参照: UniProt: P03206*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.1M Na Cacodylate (pH6.4), 0.2M CaCl2, 16% PEG 3350, 3% 1,6Hexanediol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
検出器日付: 2005年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 87783

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZSD, 2NW2

1zsd

2nw2


解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.855 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.797 / SU B: 18.556 / SU ML: 0.399 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.505 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32702 4598 5 %RANDOM
Rwork0.26876 ---
obs0.27169 87783 93.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.267 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20 Å20.17 Å2
2--1.64 Å20 Å2
3----2.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26287 0 0 194 26481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02127011
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9591.93436727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.24653248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78823.8351408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.581154315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.89515200
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.23836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0221268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.210912
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.217606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2929
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.829316794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5526344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.806711852
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7311010383
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.501 353 -
Rwork0.393 6562 -
obs--96.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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