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- PDB-2nvx: RNA polymerase II elongation complex in 5 mM Mg+2 with 2'-dUTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nvx
タイトルRNA polymerase II elongation complex in 5 mM Mg+2 with 2'-dUTP
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II ...) x 5
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III ...) x 4
  • 28-MER DNA template strand
  • 5'-D(*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3'
  • 5'-R(*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3'
  • DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA-RNA HYBRID / MRNA / MULTIPROTEIN COMPLEX / MOLECULAR MACHINE / DNA / TRANSFERASE-DNA-RNA HYBRID COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / RNA-templated transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / translesion synthesis / transcription-coupled nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA transcription by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase activity / peroxisome / ribosome biogenesis / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase ii / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / Gyrase A; domain 2 - #140 / RPB5-like RNA polymerase subunit ...RNA polymerase ii / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / Gyrase A; domain 2 - #140 / RPB5-like RNA polymerase subunit / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / N-terminal domain of TfIIb - #10 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Enzyme I; Chain A, domain 2 / N-terminal domain of TfIIb / Rubrerythrin, domain 2 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Gyrase A; domain 2 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Homeodomain-like / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Beta Complex / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6
類似検索 - ドメイン・相同性
DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 ...DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wang, D. / Bushnell, D.A. / Westover, K.D. / Kaplan, C.D. / Kornberg, R.D.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: Structural basis of transcription: role of the trigger loop in substrate specificity and catalysis
著者: Wang, D. / Bushnell, D.A. / Westover, K.D. / Kaplan, C.D. / Kornberg, R.D.
履歴
登録2006年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: 5'-R(*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3'
N: 5'-D(*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3'
T: 28-MER DNA template strand
A: DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
B: DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide
C: DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit 9
J: DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10
K: DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)486,72723
ポリマ－485,71113
非ポリマー1,01610
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.719, 222.414, 193.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3'


分子量: 4286.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 28-MER DNA template strand


分子量: 8534.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
DNA-directed RNA polymerase II ... , 5種, 5分子 ABCIK

#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit / RNA polymerase II subunit 1 / B220


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide / B150 / RNA polymerase II subunit 2


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide / B44.5


分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P16370, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / B12.6


分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P27999, DNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide / B13.6


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P38902, DNA-directed RNA polymerase

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III ... , 4種, 4分子 EFHL

#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide / ABC27


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P20434, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide / ABC23


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P20435, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide / ABC14.4


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P20436, DNA-directed RNA polymerase
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide / ABC10-alpha


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P40422, DNA-directed RNA polymerase

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 RJ

#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 / DNA- directed RNA polymerases I / II / and III 8.3 kDa polypeptide / ABC10- beta / ABC8


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P22139, DNA-directed RNA polymerase
#1: RNA鎖 5'-R(*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3'


分子量: 3264.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 10分子

#14: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物 ChemComp-DUT / DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 468.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O14P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2HPO411
2NaH2PO411
3dioxane11
4DTT11
5PEG600011
6(NH4)2HPO412
7NaH2PO412
8PEG600012

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 80737 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.729 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SFO

1sfo


解像度: 3.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 104.061 / SU ML: 0.686 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.743 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30403 3721 5 %RANDOM
Rwork0.28461 ---
obs0.2856 70160 91.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 110.055 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.94 Å20 Å2-1.68 Å2
2---2.11 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28305 1066 65 0 29436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02230072
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4412.01740850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.62953539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70124.031340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.923155286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1815225
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2220.24590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0222113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2860.213805
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.220008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2350.2882
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3650.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.771.518281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.022228741
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.43313611
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1294.512109
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 291 -
Rwork0.412 5204 -
obs--92.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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