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- PDB-2nvv: Crystal Structure of the Putative Acetyl-CoA hydrolase/transferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nvv
タイトルCrystal Structure of the Putative Acetyl-CoA hydrolase/transferase PG1013 from Porphyromonas gingivalis, Northeast Structural Genomics Target PgR16.
要素Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
キーワードHYDROLASE / alpha beta protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate CoA-transferase activity / acetate metabolic process / acetyl-CoA metabolic process / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Succinate CoA transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, N-terminal / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, C-terminal domain superfamily / Acetyl-CoA hydrolase/transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase N-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / NagB/RpiA transferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Yong, W. / Ho, C.K. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. ...Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Yong, W. / Ho, C.K. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Putative Acetyl-CoA hydrolase/transferase PG1013 from Porphyromonas gingivalis, Northeast Structural Genomics Target PgR16
著者: Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Yong, W. / Ho, C.K. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2006年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
B: Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
C: Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
D: Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
E: Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
F: Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,93712
ポリマ－338,5446
非ポリマー3926
水3,675204
1
A: Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
B: Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9794
ポリマ－112,8482
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area32730 Å2
手法PISA, PQS
2
C: Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
D: Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9794
ポリマ－112,8482
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6660 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area32660 Å2
手法PISA, PQS
3
E: Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
F: Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9794
ポリマ－112,8482
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area32700 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.051, 131.051, 162.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Acetyl-CoA hydrolase/transferase family protein


分子量: 56424.039 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: PG1013 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q7MVN7
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 80mM Cacodylic acid, 6% PEG8k, 160mM calcium acetate, 15% glycerol, 5mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月6日 / 詳細: mirrors.
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.012
11-H, H+K, -L20.496
11-h,-k,l30.492
反射解像度: 2.7→19.95 Å / Num. all: 85246 / Num. obs: 85246 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 11.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 8.64 / Num. unique all: 12203 / Rsym value: 0.258 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
XTALVIEW精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 93306.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: TWIN DETAILS NUMBER OF TWIN DOMAINS : 3 TWIN DOMAIN : 1 TWIN OPERATOR : H, K, L TWIN FRACTION : 0.012 TWIN DOMAIN : 2 TWIN OPERATOR : -H, H+K, -L TWIN FRACTION : 0.496 TWIN DOMAIN : 3 TWIN ...詳細: TWIN DETAILS NUMBER OF TWIN DOMAINS : 3 TWIN DOMAIN : 1 TWIN OPERATOR : H, K, L TWIN FRACTION : 0.012 TWIN DOMAIN : 2 TWIN OPERATOR : -H, H+K, -L TWIN FRACTION : 0.496 TWIN DOMAIN : 3 TWIN OPERATOR : -H, -K, L TWIN FRACTION : 0.492
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 7801 9.8 %RANDOM
Rwork0.287 ---
all0.289 85246 --
obs0.287 79411 93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.323611 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 9.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.35 Å23.63 Å20 Å2
2--2.35 Å20 Å2
3----4.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22968 0 6 204 23178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 1215 9.9 %
Rwork0.289 11036 -
obs-11036 86.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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