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- PDB-2nvo: Crystal structure of Deinococcus radiodurans RO (RSR) protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nvo
タイトルCrystal structure of Deinococcus radiodurans RO (RSR) protein
要素Ro sixty-related protein, RSR
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / alpha helical repeats / von Willebrand Factor A domain (ヴォン・ヴィレブランド因子) / beta-sheet (Βシート)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoprotein complex / RNA binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
TROVE domain / TROVE domain superfamily / RNA-binding protein RO60 / TROVE domain / TROVE domain profile. / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
60 kDa SS-A/Ro ribonucleoprotein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Ramesh, A. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of Rsr, an ortholog of the antigenic Ro protein, links conformational flexibility to RNA binding activity.
著者: Ramesh, A. / Savva, C.G. / Holzenburg, A. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2006年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE According to authors, residue 433 is a valine. The conflict with the database could be due ...SEQUENCE According to authors, residue 433 is a valine. The conflict with the database could be due to an error in the database

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ro sixty-related protein, RSR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8942
ポリマ－57,8541
非ポリマー401
水7,224401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Ro sixty-related protein, RSR
ヘテロ分子

A: Ro sixty-related protein, RSR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,7884
ポリマ－115,7082
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area1440 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area43130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.556, 87.610, 70.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-534-

HOH

21A-547-

HOH

31A-551-

HOH

41A-638-

HOH

51A-829-

HOH

61A-839-

HOH

71A-849-

HOH

81A-851-

HOH

91A-875-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ro sixty-related protein, RSR / 60 kDa SS-A/Ro ribonucleoprotein homolog


分子量: 57854.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: rsr / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RUW8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1Mimidazole, 12% PEG 8000,0.2M calcium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97934, 0.97926, 0.97939, 0.94927
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月8日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979341
20.979261
30.979391
40.949271
反射解像度: 1.89→46.6 Å / Num. all: 48814 / Num. obs: 48610 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 34.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique all: 4243 / % possible all: 85.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SHARP位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.89→46.6 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 2460 -random
Rwork0.223 ---
all0.223 48610 --
obs0.223 48610 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3739 0 1 401 4141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.71
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.93 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.49 100 -
Rwork0.42 --
obs-1974 80 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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