PDB-2nss: Nitrobenzene Modified Horse Heart Myoglobin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nss

タイトル

Nitrobenzene Modified Horse Heart Myoglobin

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / nitroso / nitro / nitrite / nitric oxide / no / heme / myoglobin / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Copeland, D.M. / West, A.H. / Richter-Addo, G.B.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Nitrosoalkane and Nitrosoarene Binding to Myoglobin and Heme Models
著者: Copeland, D.M. / West, A.H. / Richter-Addo, G.B.

履歴

登録	2006年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nss.cif.gz	50.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nss.ent.gz	34.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nss.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nss	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nsrC 1npgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nz4-d 2v1e-d 2o5s-d 3wft-d 1rse-d 2fri-d 1hjt-d 1yog-d 1f6h-d 2myb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoglobin

ヘテロ分子

18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.248, 28.847, 65.983
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 16983.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: Heart / 参照: UniProt: P68082
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-NBE / NITROSOBENZENE / ニトロソベンゼン分子量: 107.110 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.32 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Ammonium sulfate, Tris-HCL, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月10日 / 詳細: OSMIC MIRRORS

放射

モノクロメーター: OSMIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→21.91 Å / Num. obs: 8578 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.88 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 12.5 / Scaling rejects: 318

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	4.6	0.314	4.2	3872	839	0.96	93.6
2.07-2.15	4.81	0.284	4.5	3858	799	0.94	97.7
2.15-2.25	4.93	0.214	5.7	4194	848	0.97	95.8
2.25-2.37	4.84	0.187	6.4	4114	846	0.98	96.9
2.37-2.52	4.93	0.155	7.7	4271	864	0.94	98.1
2.52-2.71	5.01	0.149	8.4	4307	854	1.02	97.2
2.71-2.99	5	0.113	10.7	4322	858	0.99	98.1
2.99-3.42	4.99	0.072	17.1	4315	858	0.97	99
3.42-4.3	4.89	0.046	26.1	4376	879	0.96	99
4.3-21.91	4.78	0.039	31.5	4531	933	1	99.8

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.344 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.734

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	27.13 Å
Translation	3 Å	27.13 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.2D	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear		データ収集
d*TREK		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1NPG

1npg

解像度: 2→19.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 5.354 / SU ML: 0.15 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	847	9.8 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.189	7789	97.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1194	0	93	90	1377

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.021	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.95	2.09	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.955	5	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.848	25.094	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.619	15	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.822	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	855
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.134	1.5	804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.678	2	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.919	3	617
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.837	4.5	577

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.444	59	-
R_work	0.241	543	-
obs	-	602	92.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6351	1.2182	4.4156	1.412	2.921	7.0452	0.1065	-0.1445	-0.1856	0.1001	-0.0572	0.1571	-0.0606	-0.1102	-0.0494	-0.0761	-0.0145	-0.0445	0.0145	0.0127	0.0738	-16.862	-6.553	16.705
2	6.0252	-0.3049	-2.9021	0.734	0.874	2.1336	0.2142	-0.0778	0.0284	0.0321	-0.1595	-0.0781	-0.0979	-0.0144	-0.0546	-0.0214	0.0158	-0.0699	0.0452	0.0295	0.0171	1.036	-3.151	22.599
3	19.3987	1.3137	2.7291	0.089	0.1848	0.3839	-0.037	0.9375	0.1116	0.5315	0.1597	0.4657	-0.8438	0.6067	-0.1227	-0.0557	0.0268	-0.0082	0.1182	0.1766	0.1561	11.181	1.313	16.931
4	30.7734	-7.3275	1.3403	7.7546	-0.9922	0.1338	0.6959	-1.3117	-0.439	-0.4738	-0.3637	-0.2785	-0.6302	0.1363	-0.3322	-0.0218	-0.0168	-0.0651	0.1078	0.0059	-0.0831	7.913	-1.173	30.517
5	4.8436	1.6618	3.1845	1.3667	1.81	2.7398	-0.0407	-0.0281	0.0615	0.0102	0.125	0.0828	-0.0303	-0.1126	-0.0844	-0.0313	-0.0082	-0.0342	0.0281	-0.001	0.0398	-6.217	4.423	21.671
6	12.3962	2.4697	1.3541	3.6374	-0.2359	0.2292	0.163	0.0365	0.5007	0.0632	-0.1072	0.1141	0.062	0.0077	-0.0558	-0.0144	0.0127	-0.0509	0.063	-0.0065	-0.0247	-5.731	9.913	7.285
7	2.2746	2.2533	-2.6859	2.263	-2.4593	4.4849	-0.0275	0.0371	-0.2048	0.0964	-0.053	-0.2025	-0.1868	-0.0294	0.0806	-0.0559	-0.0035	-0.0575	0.0442	-0.0057	0.0434	-1.145	-6.661	15.571
8	1.5215	0.6084	-0.8871	0.2435	-0.3519	0.5551	0.1088	0.1269	-0.0157	0.3319	0.0459	0.004	-0.2105	-0.038	-0.1546	-0.0435	-0.0115	-0.0689	0.0561	-0.0162	0.0386	-6.805	-2.749	5.708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	37 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	51 - 57
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	58 - 77
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	82 - 96
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	100 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	124 - 150

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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