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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nsp | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of pectin methylesterase D178A mutant in complex with hexasaccharide I | ||||||||||||
![]() | Pectinesterase A | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Michaelis complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() pectinesterase / pectinesterase activity / : / cell wall modification / pectin catabolic process / cell outer membrane / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Fries, M. / Brocklehurst, K. / Shevchik, V.E. / Pickersgill, R.W. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of the activity of the phytopathogen pectin methylesterase. 著者: Fries, M. / Ihrig, J. / Brocklehurst, K. / Shevchik, V.E. / Pickersgill, R.W. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 125.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 903.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 911.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 25 - 366 / Label seq-ID: 1 - 342
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36949.785 Da / 分子数: 2 / 変異: D178A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Dickeya / 株: 3937 / 遺伝子: pemA, pem / プラスミド: pBCKS/pemA / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月10日 / 詳細: Diamond (111), Ge(220), toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: Diamond(111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→97.13 Å / Num. obs: 91132 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1QJV 解像度: 1.7→97.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 1.634 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.356 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→97.13 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 2606 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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