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万見
- PDB-2nsa: Structures of and interactions between domains of trigger factor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nsa
タイトルStructures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritim
要素Trigger factor
キーワードCHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' cotranslational protein folding / protein unfolding / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / regulation of DNA-templated transcription elongation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / ribosome binding / cell cycle ...'de novo' cotranslational protein folding / protein unfolding / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / regulation of DNA-templated transcription elongation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / ribosome binding / cell cycle / cell division / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trigger factor, domain 2 / Trigger factor, C-terminal domain / Transcription elongation factor GreA/GreB, C-terminal domain superfamily / Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily ...Trigger factor, domain 2 / Trigger factor, C-terminal domain / Transcription elongation factor GreA/GreB, C-terminal domain superfamily / Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散, native anomalous / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structures of and interactions between domains of trigger factor from Thermotoga maritima.
著者: Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2006年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trigger factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7404
ポリマ－20,4521
非ポリマー2883
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Trigger factor
ヘテロ分子

A: Trigger factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4808
ポリマ－40,9042
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3720 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area20240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.840, 74.210, 90.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Trigger factor / TF


分子量: 20451.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: tig / プラスミド: pet24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL codon-plus / 参照: UniProt: Q9WZF8
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 1.35M ammonium sulfate 0.05M TrisCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21101
1,21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)波長
シンクロトロンNSLS X4A10.979
回転陽極RIGAKU RU30021.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2002年2月19日monochromator
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2002年2月26日mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal.SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Lab designed mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21.54181
Reflection

D res low: 20 Å

冗長度 (%)ID数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)% possible obs
1201700.0431.991.799.7
2.8266360.031.2522.489.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
3.662099.310.0391.817
2.93.6610010.0431.844
2.542.999.610.0462.09
2.312.5499.710.052.198
2.142.3199.810.0552.253
2.022.1499.910.0612.156
1.912.0299.810.0752.04
1.831.9199.910.0951.962
1.761.8399.610.1211.921
1.71.7699.810.1571.874
4.972083.820.0251.317
3.954.9789.320.0251.241
3.463.959120.0281.309
3.143.469320.0311.162
2.923.1492.120.0371.264
2.752.9293.220.0421.146
2.612.7592.720.0481.289
2.52.6193.220.0521.291
2.42.581.720.0541.245
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 20204 / Num. obs: 20170 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.157 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散
Phasing setD res high: 1.7 Å / D res low: 19.6 Å
Phasing dmFOM : 0.52 / FOM acentric: 0.51 / FOM centric: 0.56 / 反射: 19614 / Reflection acentric: 17762 / Reflection centric: 1852
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
4.9-19.6070.940.940.89917694223
3-4.90.930.930.8827302343387
2.4-30.80.810.6933593017342
2.1-2.40.60.610.533683089279
1.8-2.10.290.30.2657775366411
1.7-1.80.110.110.0934633253210
Phasing MIR der解像度: 1.7→19.6 Å
Phasing MIR der site

Der-ID: 1

IDBiso (Å)Cartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolOccupancy
146.112.5089.05417.496SE0.5
232.410.70712.36515.244SE0.28
317.142.16229.139.178I0.19
41636.2335.7487.139I0.15
530.148.67411.31817.072I0.15

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE位相決定
RESOLVE2.08位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散, native anomalous
解像度: 1.7→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1003 5 %random
Rwork0.227 ---
all-20170 --
obs-19614 97.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.987 Å20 Å20 Å2
2--0.272 Å20 Å2
3---0.715 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1406 0 15 208 1629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004201
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.88944

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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