PDB-2ns4: Solution structure of a Beta-Hairpin Peptidomimetic Inhibitor of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ns4

タイトル

Solution structure of a Beta-Hairpin Peptidomimetic Inhibitor of the BIV Tat-Tar Interaction

要素

L-22 CYCLIC PEPTIDE

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / peptidomimetics / peptide structure / RNA recognition / immunodeficiency virus / TAR RNA

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Moehle, K. / Patora, K. / Robinson, J.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structure-Guided Peptidomimetic Design Leads to Nanomolar beta-Hairpin Inhibitors of the Tat-TAR Interaction of Bovine Immunodeficiency Virus
著者: Athanassiou, Z. / Patora, K. / Dias, R.L.A. / Moehle, K. / Robinson, J.A. / Varani, G.

履歴

登録	2006年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ns4.cif.gz	96.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ns4.ent.gz	67 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ns4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2ns4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2ns4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2a9x
類似構造データ	5vav-d 1nil-d 2rrs-d 6q8l-d 1fgd-d 1pak-d 1v6r-d 2ndl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-22 CYCLIC PEPTIDE

1.77 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	L-22 CYCLIC PEPTIDE 分子量: 1768.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The L-22 peptide was synthesized by solid phase synthesis and purified by reverse phase HPLC.
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: unlabeled 5mM L-22 cyclic peptide; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 2.3 / 圧: 1 atom / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	1.5	P.GUNTERT ET AL.	精密化
XwinNMR	2.6	Bruker	解析
XEASY	1.53		データ解析
DYANA	1.5	Guntert, P., Mumenthaler, C., Wuthrich, K.	構造決定

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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