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- PDB-2nrg: Solution Structure of PufX from Rhodobacter Sphaeroides (minimise... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nrg
タイトルSolution Structure of PufX from Rhodobacter Sphaeroides (minimised average)
要素Intrinsic membrane protein pufX
キーワードPHOTOSYNTHESIS / MEMBRANE PROTEIN / Bent transmembrane helix
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
rhodobacter sphaeroides pufx membrane protein / Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Intrinsic membrane protein PufX / Intrinsic membrane protein PufX
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Tunnicliffe, R.B. / Ratcliffe, E.C. / Hunter, C.N. / Williamson, M.P.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2006
タイトル: The solution structure of the PufX polypeptide from Rhodobacter sphaeroides.
著者: Tunnicliffe, R.B. / Ratcliffe, E.C. / Hunter, C.N. / Williamson, M.P.
履歴
登録2006年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intrinsic membrane protein pufX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0621
ポリマ－9,0621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 80Minimised average structure
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Intrinsic membrane protein pufX


分子量: 9061.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: pufX / プラスミド: PET9A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 PlysS / 参照: UniProt: P13402, UniProt: Q7B2Z6*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNHA
121TOCSY-HSQC
1324D 13C/15N-separated NOESY
142HNCO
152HN(CA)CO
162HNCA
172CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM PufX U-15N, 50% CD3OH, 50% CDCl350% CD3OH, 50% CDCl3
21mM PufX U-15N, U-13C, 50% CD3OH, 50% CDCl350% CD3OH, 50% CDCl3
試料状態圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2004Accelrys解析
Felix2004Accelrysデータ解析
CNS1.1Brunger, A.T. et al.構造決定
CNS1.1Brunger, A.T. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Minimised average structure
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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