[日本語] English
万見
- PDB-2nrb: C28S Mutant of Succinyl-CoA:3-Ketoacid CoA Transferase from Pig Heart -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nrb
タイトルC28S Mutant of Succinyl-CoA:3-Ketoacid CoA Transferase from Pig Heart
要素Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1
キーワードTRANSFERASE / ALPHA/BETA PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Utilization of Ketone Bodies / 3-oxoacid CoA-transferase / succinyl-CoA:3-oxo-acid CoA-transferase activity / ketone body metabolic process / ketone body catabolic process / Mitochondrial protein degradation / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
3-oxoacid CoA-transferase / Coenzyme A transferase binding site / Coenzyme A transferases signature 1. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / Coenzyme A transferases signature 2. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I ...3-oxoacid CoA-transferase / Coenzyme A transferase binding site / Coenzyme A transferases signature 1. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / Coenzyme A transferases signature 2. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I / Coenzyme A transferase / Coenzyme A transferase / NagB/RpiA transferase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tammam, S.D. / Fraser, M.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Identification of the Cysteine Residue Exposed by the Conformational Change in Pig Heart Succinyl-CoA:3-Ketoacid Coenzyme A Transferase on Binding Coenzyme A.
著者: Tammam, S.D. / Rochet, J.C. / Fraser, M.E.
履歴
登録2006年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1
B: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1
C: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1
D: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,1475
ポリマ－209,1124
非ポリマー351
水14,790821
1
A: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1
B: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5913
ポリマ－104,5562
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area33060 Å2
手法PISA, PQS
2
C: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1
D: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5562
ポリマ－104,5562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area33120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.974, 264.428, 61.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1 / Somatic-type succinyl CoA:3-oxoacid CoA- transferase / Scot-S


分子量: 52277.895 Da / 分子数: 4 / 変異: C28S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: OXCT1, OXCT, SCOT / 器官: Heart / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q29551, 3-oxoacid CoA-transferase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 821 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 2000, Tris-HCl, glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月29日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 114144 / Num. obs: 114144 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4091 / % possible all: 68.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
XFITデータ削減
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 1M3E

1m3e


解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 6267 -consistent with other data sets from this crystal form
Rwork0.221 ---
all0.223 111074 --
obs0.223 111074 96.9 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.185 Å20 Å218.446 Å2
2--3.202 Å20 Å2
3----2.018 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14282 0 1 821 15104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
LS精密化 シェル解像度: 2→2.03 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2752 --
Rwork0.2206 --
obs-4091 68.2 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る