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- PDB-2np0: Crystal structure of the Botulinum neurotoxin type B complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2np0
タイトルCrystal structure of the Botulinum neurotoxin type B complexed with synaptotagamin-II ectodomain
要素
  • Botulinum neurotoxin type B
  • Synaptotagmin-2
キーワードHYDROLASE / BOTULINUM / NEUROTOXIN / SYNAPTOTAGAMIN / RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / dense core granule / chromaffin granule membrane / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis ...calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / dense core granule / chromaffin granule membrane / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / calcium-dependent phospholipid binding / host cell cytoplasmic vesicle / syntaxin binding / host cell cytosol / clathrin binding / regulation of dopamine secretion / phosphatidylserine binding / synaptic vesicle endocytosis / protein transmembrane transporter activity / cellular response to calcium ion / neuromuscular junction / metalloendopeptidase activity / synaptic vesicle membrane / toxin activity / cell differentiation / axon / lipid binding / calcium ion binding / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / Synaptotagmin / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain ...Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / Synaptotagmin / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / C2 domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type B / Synaptotagmin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Chai, Q. / Arndt, J.W. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structural basis of cell surface receptor recognition by botulinum neurotoxin B.
著者: Chai, Q. / Arndt, J.W. / Dong, M. / Tepp, W.H. / Johnson, E.A. / Chapman, E.R. / Stevens, R.C.
履歴
登録2006年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type B
B: Synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,5917
ポリマ－153,3702
非ポリマー2215
水7,314406
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area55440 Å2
手法PISA
2
A: Botulinum neurotoxin type B
B: Synaptotagmin-2
ヘテロ分子

A: Botulinum neurotoxin type B
B: Synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,18314
ポリマ－306,7404
非ポリマー44210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area5560 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area108780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.415, 351.971, 101.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type B


分子量: 150833.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / 株: Type B1_Okra / 参照: UniProt: P10844, bontoxilysin
#2: タンパク質・ペプチド Synaptotagmin-2 / Synaptotagmin II / SytII


分子量: 2536.852 Da / 分子数: 1 / Fragment: Vesicular (Residues 1-60) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Syt2 / 参照: UniProt: P46097

-
非ポリマー , 4種, 411分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.32 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.4 M (NH4)2SO4, 0.9 M Li2SO4, and 0.1 M sodium citrate at pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射モノクロメーター: Double crystal, paralell (Si 111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→40 Å / Num. obs: 92718 / % possible obs: 90.04 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 2.62→2.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.476 / % possible all: 71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1s0e

1s0e


解像度: 2.62→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 17.896 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22733 4177 5 %RANDOM
Rwork0.18601 ---
all0.1881 79045 --
obs0.18807 83222 90.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.371 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.22 Å20 Å20 Å2
2---1.75 Å20 Å2
3----3.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10771 0 5 406 11182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02211006
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4991.95414861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.934318434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.51251301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63225.464571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.645152029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4641538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.22280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.27802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1980.25479
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.26024
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0750.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1960.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6261.56745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0941.52627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05210584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.45235012
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2744.54277
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.686 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 236 -
Rwork0.371 4553 -
obs--70.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.78370.3557-0.02241.95110.19221.1674-0.0597-0.0753-0.15660.107-0.01010.12530.009-0.19240.0698-0.19660.04880.0253-0.19540.0341-0.151166.56228.8852-6.0405
20.5713-0.0681-0.43231.4964-0.27951.0801-0.07290.1091-0.1522-0.33730.06090.1481-0.1606-0.24040.012-0.0320.1184-0.0088-0.08780.0239-0.144169.543447.3429-14.5235
30.8748-0.2089-0.02661.0630.61441.339-0.0552-0.03480.0634-0.04280.00820.0466-0.3852-0.24340.0469-0.13760.099-0.0216-0.18990.0353-0.223667.275260.7491-0.6559
42.3507-0.0929-0.34952.87430.87753.33870.01570.10510.1792-0.2837-0.0213-0.222-0.080.39080.0055-0.06890.11380.0155-0.14860.0713-0.161560.508493.9521-13.2184
53.36460.202-1.55822.8973-0.17783.72770.0263-0.49970.46080.35830.0713-0.01-0.2784-0.0132-0.09750.10480.1067-0.0483-0.1485-0.1258-0.112946.2825108.965614.6012
649.3135-3.617414.12635.155815.42747.891-0.3847-2.25330.35520.68490.0869-0.8613-1.1556-0.09580.29780.00040.0019-0.00010.0013-0.00020.000142.4767121.808329.4188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 4371 - 437
2X-RAY DIFFRACTION2AA438 - 500438 - 500
3X-RAY DIFFRACTION3AA501 - 872501 - 872
4X-RAY DIFFRACTION4AA873 - 1090873 - 1090
5X-RAY DIFFRACTION5AA1091 - 12901091 - 1290
6X-RAY DIFFRACTION6BB45 - 596 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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