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万見
- PDB-2nom: Terminal uridylyl transferase 4 from Trypanosoma brucei with boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nom
タイトルTerminal uridylyl transferase 4 from Trypanosoma brucei with bound dUTP
要素RNA uridylyl transferase
キーワードTRANSFERASE / TUTase / Trypanosoma / nucleotidyltransferase / UTP-binding / RNA-editing
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / kinetoplast / nucleotide binding / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Terminal uridylyltransferase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Luecke, H. / Stagno, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: UTP-bound and Apo Structures of a Minimal RNA Uridylyltransferase.
著者: Stagno, J. / Aphasizheva, I. / Rosengarth, A. / Luecke, H. / Aphasizhev, R.
履歴
登録2006年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA uridylyl transferase
B: RNA uridylyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7446
ポリマ－79,7592
非ポリマー9854
水2,252125
1
A: RNA uridylyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3964
ポリマ－39,8791
非ポリマー5173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA uridylyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3482
ポリマ－39,8791
非ポリマー4681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.142, 41.659, 104.286
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RNA uridylyl transferase


分子量: 39879.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: 841358, Tb11.01.7300 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q381M1, RNA uridylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DUT / DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dUTP


分子量: 468.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O14P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM magnesium chloride, 18% PEG-8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→41.2 Å / Num. obs: 26868 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.48 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 4.9 / Scaling rejects: 708
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.493.560.5092951526651.0899.8
2.49-2.593.580.482.2947426331.0699.8
2.59-2.73.570.442.4959526781.0299.8
2.7-2.853.530.3912.7944426531.0599.7
2.85-3.023.520.3363.2956326861.0399.7
3.02-3.263.540.2454953826790.9499.7
3.26-3.583.50.1745.5946126840.9199.4
3.58-4.13.470.1267.3939326860.8999.2
4.1-5.173.40.0949.2929227150.8499.3
5.17-41.193.180.07710.6902127890.8998.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.2Lデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
Blu-Iceデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2IKF

2ikf


解像度: 2.4→41.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 11.434 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.499 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 1393 5.2 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.234 26857 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å2-0.07 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→41.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4645 0 58 125 4828
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.9716530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7755572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29923.275229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.41215799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1441541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.22340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.23249
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1080.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2590.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.731.52952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29224678
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.59132089
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5414.51852
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 110 -
Rwork0.285 1850 -
obs-1960 99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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