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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2no5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure analysis of a Dehalogenase with intermediate complex | ||||||
![]() | (S)-2-haloacid dehalogenase IVA | ||||||
![]() | HYDROLASE / Haloacid dehalogenase / Dehalogenase / HAD Superfamily / Intermediate structure | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schmidberger, J.W. / Wilce, M.C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of the substrate free-enzyme, and reaction intermediate of the HAD superfamily member, haloacid dehalogenase DehIVa from Burkholderia cepacia MBA4 著者: Schmidberger, J.W. / Wilce, J.A. / Tsang, J.S.H. / Wilce, M.C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 484.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 496 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The structure is a Functional homodimer in the ASU. Asp11 on each chain (A and B) is covalently bound to a reaction intermediate, of the substrate L-2-monochloroprapanate. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27206.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MBA4 / プラスミド: pHKU201 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 20% PEG 4000, 0.65M Ammonium Sulphate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月16日 / 詳細: Osmic mirrors |
放射 | モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→29.24 Å / Num. all: 26826 / Num. obs: 26322 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 3.49 % / Biso Wilson estimate: 55.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 10.13 |
反射 シェル | 解像度: 2.58→2.67 Å / 冗長度: 3.11 % / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique all: 1919 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2NO4 解像度: 2.6→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 8.856 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.139 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
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