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万見
- PDB-2no0: C4S dCK variant of dCK in complex with gemcitabine+ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2no0
タイトルC4S dCK variant of dCK in complex with gemcitabine+ADP
要素Deoxycytidine kinase
キーワードTRANSFERASE / dCK / gemcitabine / human deoxycytidine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deoxynucleoside kinase / : / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GEMCITABINE / Deoxycytidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sabini, E. / Hazra, S. / Konrad, M. / Burley, S.K. / Lavie, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: Nonenantioselectivity Property of Human Deoxycytidine Kinase Explained by Structures of the Enzyme in Complex with l- and d-Nucleosides.
著者: Sabini, E. / Hazra, S. / Konrad, M. / Lavie, A.
履歴
登録2006年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42021年2月3日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxycytidine kinase
B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7006
ポリマ－65,3192
非ポリマー1,3814
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20330 Å2
手法PISA
2
A: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子

A: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子

B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子

B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,40012
ポリマ－130,6384
非ポリマー2,7628
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation8_566x+1/2,-y+3/2,-z+11
Buried area10390 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area40730 Å2
手法PISA
3
A: Deoxycytidine kinase
B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子

A: Deoxycytidine kinase
B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,40012
ポリマ－130,6384
非ポリマー2,7628
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area12250 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area38870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.300, 132.400, 157.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Deoxycytidine kinase / dCK


分子量: 32659.588 Da / 分子数: 2 / 変異: C9S,C45S,C59S,C146S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GEO / GEMCITABINE / 2',2'-DIFLUORODEOXYCYTIDINE


分子量: 263.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11F2N3O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Reservoir containing 0.95-1.5M trisodium citrate dihydrate and 100mM HEPES, pH 7.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si (111) sagittal focusing, Rosenbaum-Rock vertical
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 51063 / Num. obs: 50852 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 7368 / Rsym value: 0.363

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P5Z

1p5z


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.338 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21141 5123 10.1 %RANDOM
Rwork0.17254 ---
obs0.17655 45728 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.547 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3884 0 90 267 4241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5851.9725534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2785462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.29124.593209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.08715708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0741522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023087
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21856
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22792
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1341.52398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79523769
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.77531971
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0164.51763
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 336 -
Rwork0.22 3193 -
obs--95.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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