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万見
- PDB-2nml: Crystal structure of HEF2/ERH at 1.55 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nml
タイトルCrystal structure of HEF2/ERH at 1.55 A resolution
要素Enhancer of rudimentary homolog
キーワードTRANSCRIPTION / HEF2/ERH fold / pseudo beta barrel / interaction network / cell cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine nucleoside metabolic process / methylosome / methyl-CpG binding / nucleobase-containing compound metabolic process / midbody / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ERH-like fold / Enhancer of rudimentary / Enhancer of rudimentary signature. / Enhancer of rudimentary / Enhancer of rudimentary superfamily / Enhancer of rudimentary / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enhancer of rudimentary homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Jin, T.C. / Guo, F. / Serebriiskii, I.G. / Howard, A.J. / Zhang, Y.Z.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: A 1.55 A resolution X-ray crystal structure of HEF2/ERH and insights into its transcriptional and cell-cycle interaction networks.
著者: Jin, T. / Guo, F. / Serebriiskii, I.G. / Howard, A. / Zhang, Y.Z.
履歴
登録2006年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2006年10月31日ID: 2I4F
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhancer of rudimentary homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2741
ポリマ－12,2741
非ポリマー00
水2,342130
1
A: Enhancer of rudimentary homolog

A: Enhancer of rudimentary homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5482
ポリマ－24,5482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.739, 53.739, 67.448
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: y, x, -z.

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要素

#1: タンパク質 Enhancer of rudimentary homolog / Enhancer of Filamentation 2 / HEF2 / ERH


分子量: 12273.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERH / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3), B834(DE3) / 参照: UniProt: P84090
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, isopropanol, trisodium citrate dihydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 17-ID11
シンクロトロンAPS 17-ID20.95000, 0.97950, 0.97900
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.951
30.97951
40.9791
Reflection

D res low: 50 Å / 冗長度: 7.2 %

IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)Num. obs% possible obs
116.2608090.0620.992.29847983.2
214.9599910.0611.012.32830784.5
314.9606760.0650.992.31842584.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.935085.910.0621.0117.3
3.924.9381.810.0510.9097.3
3.423.9211.910.0520.9985.2
3.113.4294.810.0550.9367.4
2.893.1195.210.0641.0467.3
2.722.8995.210.0750.9677.4
2.582.7295.310.0911.0297.3
2.472.5895.910.120.9727.4
2.372.4796.510.1531.017.1
2.292.3779.910.4681.0246.1
55087.520.0570.9377.3
3.97588.520.0461.0217.3
3.473.970.221
3.153.4792.820.0561.0567
2.923.1594.820.0651.0257.4
2.752.9295.520.0810.9597.3
2.612.7595.720.1091.0337.3
2.52.619620.1540.9887.3
2.42.596.220.191.0177.3
2.322.496.120.5961.0166.7
4.985086.330.0651.0097.3
3.954.9886.330.0520.947.4
3.453.956.230.0530.9343.8
3.133.4594.330.0580.9997.3
2.913.139530.0661.0017.4
2.742.9195.930.081.0017.3
2.62.7495.630.1020.9937.3
2.492.696.130.1380.9387.3
2.392.499630.1730.9757.3
2.312.3994.330.5511.0556.4
反射解像度: 1.55→38.32 Å / Num. obs: 16613 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Num. unique all: 1570 / Χ2: 0.964 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→38.32 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 786 4.7 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.2 15983 --
obs0.2 15983 94.8 %-
溶媒の処理Bsol: 85.441 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 28.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.719 Å2-0.013 Å20 Å2
2--0.719 Å20 Å2
3----1.437 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.181 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→38.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数816 0 0 130 946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.044
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.031
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 70 -
Rwork0.271 --
obs-1269 85.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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