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万見
- PDB-2nly: Crystal structure of protein BH1492 from Bacillus halodurans, Pfa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nly
タイトルCrystal structure of protein BH1492 from Bacillus halodurans, Pfam DUF610
要素Divergent polysaccharide deacetylase hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / divergent polysaccharide deacetylase / pfam04748 / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Divergent polysaccharide deacetylase / Divergent polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jin, X. / Sauder, J.M. / Wasserman, S. / Smith, D. / Burley, S.K. / Shapiro, L. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein BH1492 from Bacillus halodurans C-125
著者: Jin, X. / Sauder, J.M. / Wasserman, S. / Smith, D. / Burley, S.K. / Shapiro, L.
履歴
登録2006年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Divergent polysaccharide deacetylase hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0642
ポリマ－26,9991
非ポリマー651
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.153, 113.517, 63.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is the monomer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Divergent polysaccharide deacetylase hypothetical protein / BH1492 protein


分子量: 26998.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
遺伝子: BH1492 / プラスミド: pSGX4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon+RIL / 参照: UniProt: Q9KCS7
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 22% PEG 8K, 100mM Sodium Acetate (pH 4.5), 200mM Lithium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月23日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.8 Å / Num. all: 10618 / Num. obs: 10606 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 1039 / Rsym value: 0.393 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 18.872 / SU ML: 0.214 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27314 502 4.8 %RANDOM
Rwork0.22195 ---
all0.225 10606 --
obs0.22451 9949 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.523 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1650 0 1 33 1684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0691.9772264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.6325214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4242568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.97315308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.866159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1850.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021230
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.2792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.21133
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0190.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7961.51104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3521743
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9273624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0884.5521
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 40 -
Rwork0.245 709 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.93 Å / Origin y: 39.451 Å / Origin z: 35.509 Å
111213212223313233
T-0.0271 Å20.0692 Å20.0555 Å2--0.0464 Å20.0013 Å2--0.0192 Å2
L1.9305 °2-0.7462 °20.3086 °2-3.7244 °21.6858 °2--4.7606 °2
S0.079 Å °0.2231 Å °-0.1522 Å °-0.1711 Å °0.0694 Å °-0.5084 Å °0.2982 Å °0.6183 Å °-0.1484 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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