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- PDB-2nlq: Human beta-defensin-1 (Mutant Lys31Ala) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nlq
タイトルHuman beta-defensin-1 (Mutant Lys31Ala)
要素Beta-defensin 1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial / chemotactic / defensin / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / CCR6 chemokine receptor binding / microvesicle / Beta defensins / Defensins / sperm midpiece / innate immune response in mucosa / response to bacterium / calcium-mediated signaling / Golgi lumen ...positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / CCR6 chemokine receptor binding / microvesicle / Beta defensins / Defensins / sperm midpiece / innate immune response in mucosa / response to bacterium / calcium-mediated signaling / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta defensin type / Beta defensin
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / Beta-defensin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Studies of the Biological Properties of Human beta-Defensin 1.
著者: Pazgier, M. / Prahl, A. / Hoover, D.M. / Lubkowski, J.
履歴
登録2006年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-defensin 1
B: Beta-defensin 1
C: Beta-defensin 1
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,17711
ポリマ－15,5304
非ポリマー6477
水4,792266
1
A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9792
ポリマ－3,8821
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9792
ポリマ－3,8821
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0753
ポリマ－3,8821
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1464
ポリマ－3,8821
非ポリマー2633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

C: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,17711
ポリマ－15,5304
非ポリマー6477
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_646-x+3/2,y-1/2,-z+11
crystal symmetry operation4_656-x+3/2,y+1/2,-z+11
Buried area3800 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area8380 Å2
手法PISA
6
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

C: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,17711
ポリマ－15,5304
非ポリマー6477
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation2_746-x+2,y-1,-z+11
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area8470 Å2
手法PISA
7
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

C: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,17711
ポリマ－15,5304
非ポリマー6477
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_646-x+3/2,y-1/2,-z+11
Buried area3690 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area8490 Å2
手法PISA
8
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

C: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1999
ポリマ－11,6473
非ポリマー5516
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_646-x+3/2,y-1/2,-z+11
crystal symmetry operation4_656-x+3/2,y+1/2,-z+11
Buried area2820 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area6470 Å2
手法PISA
9
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1038
ポリマ－11,6473
非ポリマー4555
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_646-x+3/2,y-1/2,-z+11
Buried area2640 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area6650 Å2
手法PISA
10
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

C: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1999
ポリマ－11,6473
非ポリマー5516
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area6530 Å2
手法PISA
11
C: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,17711
ポリマ－15,5304
非ポリマー6477
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_646-x+3/2,y-1/2,-z+11
Buried area3430 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area8550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.890, 27.680, 58.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Biological assembly is a monomer

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Beta-defensin 1 / BD-1 / Defensin / beta 1 / hBD-1


分子量: 3882.496 Da / 分子数: 4 / 断片: human beta-defensin 1, residues 33-68 / 変異: K31A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEFB1, BD1, HBD1 / プラスミド: pAED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysE / 参照: UniProt: P60022
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月10日 / 詳細: Osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 13163 / Num. obs: 13163 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.862.30.3910320.971176.6
1.86-1.942.80.3112570.787193.1
1.94-2.033.10.24713130.816197.2
2.03-2.133.30.17813450.865198.8
2.13-2.273.40.13713210.938199.3
2.27-2.443.40.10813490.935199.5
2.44-2.693.40.091136211100
2.69-3.083.40.06213781.0011100
3.08-3.883.40.04213741.0351100
3.88-303.30.03514321.0241100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IJV

1ijv


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.413 / SU ML: 0.106 / SU R Cruickshank DPI: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 654 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
all0.183 13161 --
obs0.183 13161 96.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å20 Å2-0.48 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1068 0 36 266 1370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01811290.022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61215231.975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2661405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.354023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.20417615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.291415
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1041520.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0078280.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2454840.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3067680.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1911760.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2251280.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.206620.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0667291.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74511242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6074603
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6543994.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 33 -
Rwork0.283 712 -
obs-744 72.83 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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