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- PDB-2nlp: Human beta-defensin-1 (Mutant Gln24Glu) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nlp
タイトルHuman beta-defensin-1 (Mutant Gln24Glu)
要素Beta-defensin 1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial / chemotactic / defensin / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / microvesicle / CCR6 chemokine receptor binding / Beta defensins / Defensins / : / sperm midpiece / cAMP-mediated signaling / innate immune response in mucosa / response to bacterium ...positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / microvesicle / CCR6 chemokine receptor binding / Beta defensins / Defensins / : / sperm midpiece / cAMP-mediated signaling / innate immune response in mucosa / response to bacterium / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta defensin type / Beta defensin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Studies of the Biological Properties of Human beta-Defensin 1.
著者: Pazgier, M. / Prahl, A. / Hoover, D.M. / Lubkowski, J.
履歴
登録2006年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-defensin 1
B: Beta-defensin 1
C: Beta-defensin 1
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,34310
ポリマ－15,7664
非ポリマー5766
水4,954275
1
A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 4.33 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3265
ポリマ－3,9421
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0382
ポリマ－3,9421
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-defensin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9421
ポリマ－3,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0382
ポリマ－3,9421
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

C: Beta-defensin 1
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 16.3 kDa, 4 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,34310
ポリマ－15,7664
非ポリマー5766
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area3420 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area8850 Å2
手法PISA
6
A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 8.36 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3637
ポリマ－7,8832
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area4840 Å2
手法PISA
7
C: Beta-defensin 1
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9793
ポリマ－7,8832
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area4790 Å2
手法PISA
8
B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

C: Beta-defensin 1
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0175
ポリマ－11,8253
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2280 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area6860 Å2
手法PISA
9
A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

C: Beta-defensin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3058
ポリマ－11,8253
非ポリマー4805
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area2270 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area7010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.680, 27.680, 58.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-313-

HOH

詳細Biological assembly is a monomer

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Beta-defensin 1 / BD-1 / Defensin / beta 1 / hBD-1


分子量: 3941.583 Da / 分子数: 4 / 断片: human beta-defensin 1, residues 33-68 / 変異: Q24E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEFB1, BD1, HBD1 / プラスミド: pAED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysE / 参照: UniProt: P60022
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: LITHIUM SULFATE, HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月3日 / 詳細: Osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 12081 / Num. obs: 12081 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 1143 / Χ2: 1.057 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IJV

1ijv


解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.266 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 582 4.8 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all0.179 12078 --
obs0.179 12078 96.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.923 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å20 Å2-1.07 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1084 0 30 278 1392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01811400.022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.69815361.986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2371405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.6034023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.86119215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.071415
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1081520.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0078240.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2474850.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3067620.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.211670.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2181170.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.199790.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.127271.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78111242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8374773
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0594124.5
LS精密化 シェル解像度: 1.848→1.896 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 30 -
Rwork0.235 814 -
obs-844 92.65 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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