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万見
- PDB-2ndp: Structure of DNA-binding HU protein from micoplasma Mycoplasma ga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ndp
タイトルStructure of DNA-binding HU protein from micoplasma Mycoplasma gallisepticum
要素Histone-like DNA-binding superfamily protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Histone-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / structural constituent of chromatin / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-like DNA-binding superfamily protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma gallisepticum S6 (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Altukhov, D.A. / Talyzina, A.A. / Agapova, Y.K. / Vlaskina, A.V. / Korzhenevskiy, D.A. / Bocharov, E.V. / Rakitina, T.V. / Timofeev, V.I. / Popov, V.O.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2018
タイトル: Enhanced conformational flexibility of the histone-like (HU) protein from Mycoplasma gallisepticum.
著者: Altukhov, D.A. / Talyzina, A.A. / Agapova, Y.K. / Vlaskina, A.V. / Korzhenevskiy, D.A. / Bocharov, E.V. / Rakitina, T.V. / Timofeev, V.I. / Popov, V.O.
履歴
登録2016年9月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-like DNA-binding superfamily protein
B: Histone-like DNA-binding superfamily protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9662
ポリマ－21,9662
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 5000structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Histone-like DNA-binding superfamily protein


分子量: 10983.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma gallisepticum S6 (バクテリア)
株: S6 / 遺伝子: hup_2, GCW_02335 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6CKR5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細内容: 5 M [U-2H] D2O-1, 50 mM sodium phosphate-2, 0.1 mM sodium azide-3, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
5 MD2O-1[U-2H]1
50 mMsodium phosphate-21
0.1 mMsodium azide-31
試料状態イオン強度: 0.375 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent Uniform NMR System / 製造業者: Agilent / モデル: Uniform NMR System / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TALOS++Cornilescu, Delaglio and Baxchemical shift assignment
GROMACSHerman Berendsen's group, department of Biophysical Chemistry of Groningen University精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 5000 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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