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万見
- PDB-2ndo: Structure of EcDsbA-sulfonamide1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ndo
タイトルStructure of EcDsbA-sulfonamide1 complex
要素Thiol:disulfide interchange protein DsbA
キーワードOXIDOREDUCTASES / Oxidised EcDsbA / Sulfonamide
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-{[(4-iodophenyl)sulfonyl]amino}benzoic acid / Thiol:disulfide interchange protein DsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model6
データ登録者Williams, M.L. / Doak, B.C. / Vazirani, M. / Ilyichova, O. / Wang, G. / Bermel, W. / Simpson, J.S. / Chalmers, D.K. / King, G.F. / Mobli, M. / Scanlon, M.J.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2016
タイトル: Determination of ligand binding modes in weak protein-ligand complexes using sparse NMR data.
著者: Mohanty, B. / Williams, M.L. / Doak, B.C. / Vazirani, M. / Ilyichova, O. / Wang, G. / Bermel, W. / Simpson, J.S. / Chalmers, D.K. / King, G.F. / Mobli, M. / Scanlon, M.J.
履歴
登録2016年8月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5582
ポリマ－21,1551
非ポリマー4031
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量: 21155.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物 ChemComp-SFQ / 2-{[(4-iodophenyl)sulfonyl]amino}benzoic acid


分子量: 403.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10INO4S

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2123D F1- 13 C, 15 N-filtered, F3 - 13 C ali (methyl) edited [ 1 H, 1 H]-NOESY
2222D F1-edited, F2-13C,15N-Filtered [1H,1H]-NOESY
2322D 1H-13C HSQC
1412D 1H-13C HSQC
1513D CHD2-C-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.35 mM Isotopomer sample Oxidised EcDsbA, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Oxidised EcDsbA, 1.5 mM Sulfonamide1, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.35 mMOxidised EcDsbA-1Isotopomer sample1
0.4 mMOxidised EcDsbA-2[U-99% 13C; U-99% 15N]2
1.5 mMSulfonamide1-32
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1506.8ambient atm300 K
2506.8ambient atm300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
HADDOCK2.1Alexandre Bonvinrigid body docking
HADDOCK2.1Alexandre Bonvinsimulated annealing
HADDOCK2.1Alexandre Bonvinwater refinement
HADDOCK精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The released PDB entry 1FVK was used for HADDOCK model building
NMR constraintsNOE constraints total: 19
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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