PDB-2nd9: Solution structure of MapZ extracellular domain first subdomain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nd9

タイトル

Solution structure of MapZ extracellular domain first subdomain

要素

Mid-cell-anchored protein Z

キーワード

CELL CYCLE / MapZ / FtsZ / peptidoglycan / division

機能・相同性

Mid-cell-anchored protein Z / MapZ, extracellular C-terminal domain 2 / MapZ, extracellular domain 1 / MapZ extracellular domain 1 / MapZ extracellular C-terminal domain 2 / cell division / plasma membrane / Mid-cell-anchored protein Z

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Jean, N.L. / Manuse, S. / Guinot, M. / Bougault, C.M. / Grangeasse, C. / Simorre, J.-P.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structure-function analysis of the extracellular domain of the pneumococcal cell division site positioning protein MapZ.
著者: Manuse, S. / Jean, N.L. / Guinot, M. / Lavergne, J.P. / Laguri, C. / Bougault, C.M. / VanNieuwenhze, M.S. / Grangeasse, C. / Simorre, J.P.

履歴

登録	2016年5月11日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nd9.cif.gz	877.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nd9.ent.gz	745.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nd9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nd9_validation.pdf.gz	411.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nd9_full_validation.pdf.gz	580.3 KB	表示
XML形式データ	2nd9_validation.xml.gz	80.3 KB	表示
CIF形式データ	2nd9_validation.cif.gz	107.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/2nd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/2nd9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ndaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nrn-d 3fav-2 2jyk-d 1nwm-d 5cwt-d 6x46-d 3uum-2 5va4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 26052

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mid-cell-anchored protein Z

14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 750	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Mid-cell-anchored protein Z 分子量: 14867.480 Da / 分子数: 1 断片: First subdomain (Q178 - G313) of MapZ extracellular domain 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) 株: R6 / 遺伝子: mapZ, spr0334 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DR55

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC/HMQC
1	2	1	3D HN(CA)CO
1	3	1	3D HNCO
1	4	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	3D HN(COCA)CB
1	6	1	3D C(CO)NH
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D H(CCO)NH
1	9	1	2D 1H-13C HSQC/HMQC
1	10	1	2D 1H-13C HSQC/HMQC
1	11	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MapZ_extra1, 50 mM Tris, 100 mM NaCl, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
2.0 mM	MapZ_extra1-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
50 mM	Tris-2		1
100 mM	NaCl-3		1

試料状態

イオン強度: 0.1 / pH: 7.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	950	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	850	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
ARIA	2.3.1	W. Rieping, M. Habeck, B. Bardiaux, A. Bernard, T.E. Malliavin and M. Nilges	structure calculation
CNS	1.1	A. Brunger, P. Adams, G. Clore, P. Gros, M. Nilges and R. Read	精密化
CcpNmr Analysis	2.4	CCPN	データ解析
TALOS+	1	Y. Shen, F. Delaglio, G. Cornilescu and A. Bax	データ解析
Unio10'	2.0.2	T. Herrmann	peak picking
NMRPipe	any	F. Delaglio, S. Grzesiek,G.W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer and A. Bax	spectrum processing
CNS			精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 750 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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